More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3811 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3811  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 426 aa  839    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.775008  normal  0.310651 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1366  LysR family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 481 aa  288  1e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0331  LysR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 417 aa  259  4e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3922  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 404 aa  208  1e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03234  transcriptional regulator  36.09 
 
 		 435 aa  204  3e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 415 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3891  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 400 aa  192  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3897  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 414 aa  190  5e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2816  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 383 aa  185  2.0000000000000003e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0493129  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 419 aa  170  5e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7575  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 417 aa  164  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31260  Transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 397 aa  164  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3202  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 397 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185561 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3271  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 421 aa  156  8e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000365661 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2516  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 397 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5744  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 434 aa  152  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0821476  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2029  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 397 aa  150  6e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 406 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2093  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 408 aa  147  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.883671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0095  LysR family substrate binding transcriptional regulator  28.57 
 
 		 411 aa  143  7e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0094  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  28.57 
 
 		 411 aa  143  7e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4119  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 392 aa  141  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0338  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 410 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385737  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 320 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 351 aa  124  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3543  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 419 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0643746  normal  0.113442 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 325 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 321 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1464  transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 		 325 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 341 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6604  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 315 aa  107  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0610737  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2000  transcriptional regulator, LysR family  32.26 
 
 		 299 aa  107  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40236  normal  0.73412 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8309  transcriptional regulator, LysR family  32.84 
 
 		 318 aa  106  7e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  30.08 
 
 		 299 aa  103  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  29.14 
 
 		 315 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 315 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 321 aa  102  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0145  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 307 aa  101  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685524 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 316 aa  101  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6156  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 308 aa  100  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 316 aa  100  7e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 316 aa  100  7e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.61 
 
 		 298 aa  99.8  8e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 304 aa  99  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 320 aa  98.2  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 316 aa  97.8  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 323 aa  97.8  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 321 aa  98.2  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5051  LysR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 306 aa  98.2  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.443716  normal  0.966436 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5811  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 303 aa  97.4  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638559  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 316 aa  97.4  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  26.79 
 
 		 319 aa  96.3  9e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.77 
 
 		 302 aa  96.3  9e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 307 aa  96.3  9e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  23.77 
 
 		 302 aa  96.3  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.77 
 
 		 302 aa  96.3  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.75 
 
 		 298 aa  95.5  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 316 aa  95.5  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.77 
 
 		 302 aa  96.3  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  23.77 
 
 		 302 aa  96.3  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.77 
 
 		 302 aa  95.9  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0507  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 384 aa  96.3  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.77 
 
 		 302 aa  96.3  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.66 
 
 		 302 aa  95.9  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0222  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 307 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 331 aa  95.1  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 320 aa  95.1  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  23.77 
 
 		 302 aa  94.4  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2069  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 326 aa  94.7  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.18458  hitchhiker  0.00114846 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3031  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 324 aa  94.7  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0317613  normal  0.872582 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1848  LysR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 314 aa  94.4  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  23.21 
 
 		 298 aa  94.4  4e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0704  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 338 aa  94.4  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.271413  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 316 aa  93.6  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5938  transcriptional regulator, LysR family  26.78 
 
 		 305 aa  93.6  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.254792 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2084  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 308 aa  93.6  6e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0859391  normal  0.308177 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 321 aa  93.6  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 306 aa  93.6  6e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0569  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 324 aa  93.2  7e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.104836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 316 aa  93.2  8e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2632  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 306 aa  93.2  8e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.724671  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0886  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 338 aa  92.8  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0376917  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0889  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 338 aa  92.8  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1380  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 309 aa  92.4  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.306362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  26.81 
 
 		 304 aa  92  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0562  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 312 aa  91.7  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.260746  normal  0.122148 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 316 aa  91.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3275  transcriptional regulator, LysR family  26.85 
 
 		 300 aa  91.7  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0115346  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 299 aa  91.3  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7076  transcriptional regulator, LysR family  26.44 
 
 		 305 aa  91.7  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0713  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 328 aa  91.3  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730012  normal  0.411699 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 307 aa  91.3  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2608  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 303 aa  91.3  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2584  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 303 aa  90.9  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0798399  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0207  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 306 aa  90.9  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1974  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 303 aa  90.9  4e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.85 
 
 		 300 aa  90.5  5e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 339 aa  90.5  5e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>