More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2000 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2000  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 299 aa  594  1e-169  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40236  normal  0.73412 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1974  LysR family transcriptional regulator  74.67 
 
 		 303 aa  442  1e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2608  LysR family transcriptional regulator  75 
 
 		 303 aa  443  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2584  LysR family transcriptional regulator  74.67 
 
 		 303 aa  442  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0798399  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5915  LysR family transcriptional regulator  74.25 
 
 		 303 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2503  LysR family transcriptional regulator  74.25 
 
 		 306 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2632  LysR family transcriptional regulator  74.25 
 
 		 306 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.724671  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0704  LysR family transcriptional regulator  71.91 
 
 		 338 aa  429  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.271413  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0713  LysR family transcriptional regulator  72.67 
 
 		 328 aa  429  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730012  normal  0.411699 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0889  LysR family transcriptional regulator  72.22 
 
 		 338 aa  420  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0886  LysR family transcriptional regulator  72.22 
 
 		 338 aa  420  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0376917  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6156  LysR family transcriptional regulator  67.45 
 
 		 308 aa  412  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2479  LysR family transcriptional regulator  70.49 
 
 		 298 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0644  LysR family transcriptional regulator  70.49 
 
 		 332 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0772357  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0345  LysR family transcriptional regulator  70.49 
 
 		 332 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0092  LysR family transcriptional regulator  70.49 
 
 		 298 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0215492  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1678  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 318 aa  196  4.0000000000000005e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5051  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 306 aa  190  2.9999999999999997e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.443716  normal  0.966436 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.29 
 
 		 300 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3275  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0115346  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8309  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 318 aa  143  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 325 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5583  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00542603  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1380  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 309 aa  132  7.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.306362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 313 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1848  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 314 aa  130  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 314 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 290 aa  126  4.0000000000000003e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0720  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  126  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2910  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 309 aa  126  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1890  LysR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 314 aa  126  6e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.329804 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  32.85 
 
 		 293 aa  125  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4822  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 329 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3344  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 329 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0604334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4171  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 305 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.632041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5236  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 311 aa  123  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.61001  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  31.2 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 305 aa  122  5e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1513  transcriptional regulator, LysR family  34.87 
 
 		 326 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  32.5 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  28.73 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.28 
 
 		 298 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 321 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0145  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685524 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2373  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0629728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 314 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 316 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  27.7 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1504  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1601  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2069  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 326 aa  118  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.18458  hitchhiker  0.00114846 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1752  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.53029e-17 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 328 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2237  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 339 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956085 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01379  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.65 
 
 		 307 aa  117  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2224  transcriptional regulator, LysR family  27.65 
 
 		 307 aa  117  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.1844  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01391  hypothetical protein  27.65 
 
 		 307 aa  117  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1647  transcriptional regulator, LysR family  26.96 
 
 		 307 aa  117  3e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.997012  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2957  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 323 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.549224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 316 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  26.36 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 316 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 317 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  31.2 
 
 		 302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5902  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 307 aa  116  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.202203  normal  0.230241 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 316 aa  116  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1964  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 307 aa  115  7.999999999999999e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 326 aa  115  7.999999999999999e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 300 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 300 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 300 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 316 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2027  transcriptional regulator, LysR family  27.3 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.294769  hitchhiker  0.0000000175537 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  32.12 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 331 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  26.33 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.98 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 300 aa  113  3e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.52 
 
 		 298 aa  114  3e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  29.24 
 
 		 331 aa  113  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  25.58 
 
 		 300 aa  113  3e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4320  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 317 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.279054  hitchhiker  0.0097659 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5002  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 317 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2243  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5858  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 317 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.845274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3242  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 317 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 304 aa  112  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5092  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 317 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.478333 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 316 aa  112  6e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 317 aa  112  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 314 aa  112  7.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 299 aa  112  9e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  31.8 
 
 		 304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>