More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5583 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5583  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 299 aa  598  1e-170  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00542603  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0720  LysR family transcriptional regulator  72.11 
 
 		 298 aa  418  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2373  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 300 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0629728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.24 
 
 		 300 aa  242  5e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3275  transcriptional regulator, LysR family  41.5 
 
 		 300 aa  236  3e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0115346  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8309  transcriptional regulator, LysR family  43.39 
 
 		 318 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5902  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 307 aa  233  2.0000000000000002e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.202203  normal  0.230241 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1380  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 309 aa  228  1e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.306362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5310  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 296 aa  136  5e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5915  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 303 aa  136  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5135  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 296 aa  135  8e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.428363 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2584  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 303 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0798399  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1974  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 303 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2608  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 303 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2000  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40236  normal  0.73412 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0713  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 328 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730012  normal  0.411699 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2503  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 306 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  30.15 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2632  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.724671  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0886  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 338 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0376917  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2486  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0704  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 338 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.271413  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5943  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.180862 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3891  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.314742  normal  0.132364 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0889  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 338 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6156  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 308 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0345  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0644  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0772357  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0092  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0215492  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2479  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 339 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  27.82 
 
 		 325 aa  122  8e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.1 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 312 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  36.63 
 
 		 301 aa  119  9e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 415 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 326 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  30.83 
 
 		 304 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.28 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4280  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 313 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 356 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.87 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 318 aa  113  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 314 aa  114  3e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.27 
 
 		 328 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.01 
 
 		 298 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.01 
 
 		 298 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.01 
 
 		 298 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.08 
 
 		 292 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4372  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 315 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 294 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 298 aa  110  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 406 aa  110  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3213  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 316 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.329095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5807  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.540169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 321 aa  109  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5053  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.173473  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  30.73 
 
 		 300 aa  109  5e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5051  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 306 aa  109  5e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.443716  normal  0.966436 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  31.98 
 
 		 313 aa  109  5e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 297 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  24.05 
 
 		 296 aa  108  8.000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1296  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 312 aa  108  1e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  28.92 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  27.97 
 
 		 314 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  29.06 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5073  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 317 aa  107  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1890  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 314 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.329804 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3054  LysR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 315 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.57 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  28.28 
 
 		 316 aa  106  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 311 aa  106  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5858  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 317 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.845274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 298 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4320  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 317 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.279054  hitchhiker  0.0097659 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5002  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 317 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  31.96 
 
 		 304 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3242  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 317 aa  105  6e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 318 aa  106  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5092  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 317 aa  105  7e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.478333 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 317 aa  105  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 298 aa  105  8e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 305 aa  105  8e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 298 aa  105  8e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.15 
 
 		 299 aa  105  9e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.15 
 
 		 299 aa  105  9e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 315 aa  105  9e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1408  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 323 aa  105  9e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.185298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1374  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 314 aa  105  9e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>