More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5051 on replicon NC_009508
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009508  Swit_5051  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  613  9.999999999999999e-175  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.443716  normal  0.966436 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1678  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 318 aa  231  8.000000000000001e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2503  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 306 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0713  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 328 aa  195  9e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730012  normal  0.411699 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2608  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2632  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 306 aa  193  4e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.724671  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5915  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 303 aa  192  8e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2000  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40236  normal  0.73412 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0704  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 338 aa  189  4e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.271413  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1974  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2584  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0798399  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0886  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 338 aa  186  5e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0376917  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0889  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 338 aa  186  5e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6156  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2479  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0092  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0215492  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0644  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 332 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0772357  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0345  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 332 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 415 aa  116  5e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1848  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 314 aa  110  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5583  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 299 aa  109  5e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00542603  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0457  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 328 aa  107  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.973452  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3897  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 414 aa  107  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3891  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 400 aa  105  8e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 306 aa  105  9e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3891  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 305 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.314742  normal  0.132364 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2486  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 351 aa  103  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6795  transcriptional regulator, LysR family  34.33 
 
 		 302 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.775917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 317 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 323 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 323 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 314 aa  102  6e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 312 aa  102  8e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  29.66 
 
 		 302 aa  102  9e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  33.03 
 
 		 301 aa  102  9e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.05 
 
 		 321 aa  102  9e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 419 aa  101  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0331  LysR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 417 aa  102  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 314 aa  101  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 314 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.52 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.52 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  25.86 
 
 		 325 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.52 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.73 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  28.52 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.52 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.52 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.52 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 320 aa  100  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7575  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 417 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3595  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 293 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.62395 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  27.65 
 
 		 299 aa  99.8  5e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  33.03 
 
 		 301 aa  99.4  7e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 313 aa  99  9e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0963  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 334 aa  99  9e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1366  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 481 aa  99  9e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 316 aa  99  9e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 300 aa  98.2  1e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3811  LysR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 426 aa  98.6  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.775008  normal  0.310651 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 316 aa  98.6  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3755  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 321 aa  98.6  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0901244  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 314 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 314 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2885  LysR family transcriptional regulator  23.02 
 
 		 298 aa  98.2  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1679  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 292 aa  97.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2695  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 312 aa  97.4  3e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.537624  normal  0.689503 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  24.1 
 
 		 298 aa  97.1  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 		 304 aa  97.1  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 302 aa  97.1  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1969  transcriptional regulator, LysR family  30.6 
 
 		 296 aa  97.1  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 319 aa  96.7  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1532  LysR substrate binding domain protein  31.56 
 
 		 307 aa  96.7  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1739  LysR substrate binding domain protein  31.56 
 
 		 307 aa  96.7  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1717  LysR substrate binding domain-containing protein  31.56 
 
 		 307 aa  96.7  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0492643 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1743  LysR substrate binding domain protein  31.56 
 
 		 307 aa  96.7  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.574272 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1803  LysR substrate binding domain-containing protein  31.56 
 
 		 307 aa  96.7  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 356 aa  96.3  5e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 321 aa  96.3  5e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  25.54 
 
 		 298 aa  96.3  6e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  32.29 
 
 		 301 aa  96.3  6e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 314 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 300 aa  95.9  8e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4119  LysR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 392 aa  95.9  8e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1757  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 317 aa  95.9  8e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0095  LysR family substrate binding transcriptional regulator  26.27 
 
 		 411 aa  95.5  9e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 293 aa  95.1  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.08 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2237  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 339 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956085 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2915  transcriptional regulator, LysR family  29.46 
 
 		 335 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0114903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1504  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 307 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1601  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 307 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>