More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_3958 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 325 aa  663    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  54.57 
 
 		 319 aa  348  9e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  54.57 
 
 		 320 aa  341  1e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  53.58 
 
 		 320 aa  337  9.999999999999999e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  53.72 
 
 		 316 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  48.9 
 
 		 331 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  51.11 
 
 		 314 aa  305  9.000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 316 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 316 aa  299  5e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 316 aa  299  5e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  51.28 
 
 		 314 aa  298  1e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  47.77 
 
 		 316 aa  297  2e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  47.45 
 
 		 316 aa  295  5e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  47.45 
 
 		 316 aa  294  1e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 316 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0457  LysR family transcriptional regulator  48.04 
 
 		 328 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.973452  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  43.42 
 
 		 331 aa  242  5e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 321 aa  241  7.999999999999999e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  41.89 
 
 		 304 aa  241  1e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  42.96 
 
 		 302 aa  229  3e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 326 aa  223  4e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 317 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2857  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 315 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67216  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2832  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 315 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 312 aa  195  7e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2950  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 315 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.12495  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  34.42 
 
 		 313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  36.43 
 
 		 315 aa  182  7e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 315 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 339 aa  180  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0756  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 319 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.898459  normal  0.852403 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3518  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 321 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.625066  normal  0.0991501 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 356 aa  171  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1141  transcriptional regulator  42.5 
 
 		 319 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3176  transcriptional regulator, LysR family  32.8 
 
 		 334 aa  170  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.356855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1757  LysR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 317 aa  168  9e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4280  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 315 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2459  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000478231 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 323 aa  165  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0863  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 322 aa  164  3e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.267188 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2915  transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 		 335 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0114903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 314 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 351 aa  161  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4576  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 327 aa  160  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0917681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3466  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 321 aa  159  8e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.935879  normal  0.213991 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 318 aa  158  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 323 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 341 aa  156  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 323 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 317 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1489  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 332 aa  156  6e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442641  normal  0.818656 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0494  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 312 aa  154  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.574474 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0331  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 417 aa  152  8e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09120  Transcriptional regulator, LysR family  30.36 
 
 		 314 aa  151  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.267768  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7100  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 305 aa  151  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5807  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.540169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3054  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 320 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 333 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5053  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.173473  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4372  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 315 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1209  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 415 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 		 335 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  32.28 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3213  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 316 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.329095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 419 aa  147  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 321 aa  146  5e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5073  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 316 aa  146  5e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 314 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2084  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 308 aa  145  7.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0859391  normal  0.308177 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 314 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 314 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7575  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 417 aa  145  9e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1464  transcriptional regulator, LysR family  31 
 
 		 325 aa  144  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2394  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 314 aa  144  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4248  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.409634 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0289  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 339 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0640  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 341 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.674011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  30.87 
 
 		 321 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2069  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 326 aa  143  5e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.18458  hitchhiker  0.00114846 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1890  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 314 aa  142  7e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.329804 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3178  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 308 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.538145 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2023  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 306 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.14781  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2539  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0196237 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2294  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 318 aa  140  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 314 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0145  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685524 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  28.99 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0837  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.033112  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  31.23 
 
 		 304 aa  137  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5194  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 354 aa  135  9e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.215668 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2000  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40236  normal  0.73412 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1826  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 316 aa  132  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0150451  hitchhiker  0.00784297 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4472  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 326 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0576607  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>