More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1042 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 319 aa  647    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  78.37 
 
 		 320 aa  511  1e-144  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  66.89 
 
 		 331 aa  421  1e-117  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  65.51 
 
 		 316 aa  413  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  62.3 
 
 		 316 aa  409  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  65.18 
 
 		 316 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  65.5 
 
 		 316 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  65.5 
 
 		 316 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  64.56 
 
 		 316 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  64.24 
 
 		 316 aa  404  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  65.18 
 
 		 314 aa  403  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  64.54 
 
 		 314 aa  396  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  63.9 
 
 		 316 aa  388  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  54.57 
 
 		 325 aa  363  2e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 320 aa  357  1.9999999999999998e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0457  LysR family transcriptional regulator  50.83 
 
 		 328 aa  316  4e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.973452  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  44.09 
 
 		 331 aa  257  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1141  transcriptional regulator  57.42 
 
 		 319 aa  249  5e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  41.44 
 
 		 302 aa  237  2e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 304 aa  236  3e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 317 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 321 aa  232  6e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 326 aa  210  3e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2857  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 315 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67216  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2832  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 315 aa  206  6e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 312 aa  202  5e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2950  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 315 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.12495  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3176  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 334 aa  189  7e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.356855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2915  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 335 aa  186  5e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0114903  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 		 313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 315 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1757  LysR family transcriptional regulator  36.66 
 
 		 317 aa  177  2e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  33.69 
 
 		 315 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09120  Transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 314 aa  176  5e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.267768  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 339 aa  176  6e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2459  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000478231 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0289  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 339 aa  174  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 351 aa  172  5e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0756  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 319 aa  170  3e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.898459  normal  0.852403 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0494  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 312 aa  169  4e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.574474 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4576  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 327 aa  169  7e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0917681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 318 aa  168  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 314 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 323 aa  166  5.9999999999999996e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 356 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3466  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.935879  normal  0.213991 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0863  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 322 aa  163  3e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.267188 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 313 aa  162  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2084  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0859391  normal  0.308177 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3518  LysR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 321 aa  160  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.625066  normal  0.0991501 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 333 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  34.09 
 
 		 335 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 317 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 323 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  34.15 
 
 		 304 aa  159  8e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2394  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 314 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1489  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442641  normal  0.818656 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2294  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 318 aa  156  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 323 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2353  galactose-binding protein regulator  55.64 
 
 		 138 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1209  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 314 aa  155  7e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0331  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 417 aa  155  7e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 318 aa  155  8e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 321 aa  155  9e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 304 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4280  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 313 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7100  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 305 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 314 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4472  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 326 aa  153  5e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0576607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 314 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 314 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 316 aa  149  6e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3178  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.538145 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2023  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 306 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.14781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 314 aa  144  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1890  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 314 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.329804 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2539  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0196237 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 321 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4248  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.409634 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 419 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0642  transcriptional regulator PcaQ  30 
 
 		 302 aa  142  8e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 320 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0604  pca operon transcription factor PcaQ  30 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 315 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7575  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 417 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2649  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 313 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3156  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5938  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 		 305 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.254792 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2156  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 341 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0145  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685524 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1964  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0640  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 341 aa  137  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.674011  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7076  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62251  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0837  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 308 aa  136  5e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.033112  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3888  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 369 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0310  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 310 aa  134  3e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.179801  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>