More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2459 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2459  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  626  1e-178  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000478231 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0756  LysR family transcriptional regulator  69.08 
 
 		 319 aa  430  1e-119  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.898459  normal  0.852403 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2394  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 314 aa  301  1e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0863  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 322 aa  226  4e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.267188 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 314 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 323 aa  221  9e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 317 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 323 aa  219  5e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1209  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 314 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3466  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 321 aa  210  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.935879  normal  0.213991 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 335 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1757  LysR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 317 aa  207  2e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 333 aa  206  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1489  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 332 aa  204  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442641  normal  0.818656 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0640  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 341 aa  193  4e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.674011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0289  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 339 aa  189  5.999999999999999e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09120  Transcriptional regulator, LysR family  35.2 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.267768  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 312 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 316 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 304 aa  172  5e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 319 aa  168  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 325 aa  168  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 320 aa  167  2.9999999999999998e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 326 aa  166  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 320 aa  166  4e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 316 aa  165  8e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 339 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  34.43 
 
 		 314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  34.93 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 316 aa  164  3e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 316 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 314 aa  159  4e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 321 aa  153  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5807  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 315 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.540169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5053  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 315 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.173473  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4372  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 315 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4576  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 327 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0917681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0457  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 328 aa  150  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.973452  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 317 aa  150  4e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5073  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 316 aa  149  7e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3213  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 316 aa  148  9e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.329095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3054  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 315 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 318 aa  145  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  30.88 
 
 		 302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2950  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 315 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.12495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2857  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 315 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67216  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2832  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 315 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 331 aa  135  9e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7100  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2294  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 320 aa  133  3.9999999999999996e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2156  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 313 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 318 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3156  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 313 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2649  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 313 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 315 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3178  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 308 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.538145 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  29.57 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  30.95 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0494  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.574474 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2023  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 306 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.14781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1464  transcriptional regulator, LysR family  29.67 
 
 		 325 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  29.05 
 
 		 313 aa  126  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2539  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 308 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0196237 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 321 aa  123  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 356 aa  123  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4027  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 328 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3495  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 328 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.563303 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 351 aa  122  7e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4461  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 323 aa  122  7e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.860585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 306 aa  121  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2663  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 323 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3902  transcriptional regulator LysR family  26.33 
 
 		 310 aa  119  4.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 341 aa  119  6e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2774  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 337 aa  119  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0066556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  29.76 
 
 		 304 aa  119  6e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 323 aa  119  7e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1440  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.03 
 
 		 319 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2084  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0859391  normal  0.308177 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  27 
 
 		 327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  28.38 
 
 		 321 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5194  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 354 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.215668 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4248  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 317 aa  116  5e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.409634 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04629  transcriptional regulator  30.62 
 
 		 328 aa  116  6e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38270  pca operon transcription factor PcaQ  29.87 
 
 		 310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  25.8 
 
 		 316 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3176  transcriptional regulator, LysR family  24.66 
 
 		 334 aa  113  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.356855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4981  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 323 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0145  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 307 aa  112  6e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685524 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3572  transcriptional regulator, LysR family  28.66 
 
 		 322 aa  112  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 419 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3439  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 311 aa  112  7.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.444229  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>