More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_04629 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_04629  transcriptional regulator  100 
 
 		 328 aa  649    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2343  transcriptional regulator, LysR family  46.86 
 
 		 237 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.988261  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 316 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7076  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62251  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5938  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 305 aa  136  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.254792 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0642  transcriptional regulator PcaQ  29.14 
 
 		 302 aa  135  7.000000000000001e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0604  pca operon transcription factor PcaQ  29.14 
 
 		 302 aa  135  8e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3724  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 304 aa  133  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 351 aa  134  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1890  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.329804 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  27.92 
 
 		 302 aa  133  5e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  39.89 
 
 		 314 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 321 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 318 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 314 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 314 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3572  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 322 aa  128  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  31.64 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6124  pca operon transcription factor PcaQ  30.25 
 
 		 284 aa  124  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0261121  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0310  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 310 aa  123  5e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.179801  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 321 aa  122  7e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 331 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1713  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 310 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0202364 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1262  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 310 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0948373  normal  0.0721838 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 313 aa  119  9e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1381  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 314 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.31695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3489  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 330 aa  118  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.371565 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1317  transcriptional regulator, LysR family  31.07 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.754776  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4006  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 310 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00309329  normal  0.374097 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 316 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1305  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 310 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000111615  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2459  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 310 aa  116  6e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000478231 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 316 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 333 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  33.03 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 316 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 316 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  28.68 
 
 		 302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3466  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 321 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.935879  normal  0.213991 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 331 aa  113  5e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 315 aa  113  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 314 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1856  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 328 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397268  normal  0.189017 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 319 aa  112  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 335 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 320 aa  112  9e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3888  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 369 aa  112  9e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1440  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.74 
 
 		 319 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2686  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.247375 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 		 314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 321 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1209  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.8 
 
 		 306 aa  110  5e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.547513  normal  0.230532 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2503  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 328 aa  110  5e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38270  pca operon transcription factor PcaQ  31.07 
 
 		 310 aa  109  5e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 314 aa  109  5e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0230  transcriptional regulator PcaQ  32.71 
 
 		 305 aa  109  6e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2294  LysR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 318 aa  109  6e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 327 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1964  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0889  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 338 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0886  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 338 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0376917  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4280  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 313 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 317 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 323 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 356 aa  108  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 317 aa  108  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3518  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 321 aa  108  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.625066  normal  0.0991501 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 323 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 406 aa  107  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  34.09 
 
 		 313 aa  107  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1601  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 307 aa  106  5e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1752  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 307 aa  106  5e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.53029e-17 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 320 aa  106  5e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1504  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 307 aa  106  5e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2237  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 339 aa  106  6e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956085 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09120  Transcriptional regulator, LysR family  27.02 
 
 		 314 aa  106  7e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.267768  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01379  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.36 
 
 		 307 aa  105  8e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2224  transcriptional regulator, LysR family  27.36 
 
 		 307 aa  105  8e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.1844  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01391  hypothetical protein  27.36 
 
 		 307 aa  105  8e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1803  LysR substrate binding domain-containing protein  27.4 
 
 		 307 aa  105  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1739  LysR substrate binding domain protein  27.4 
 
 		 307 aa  105  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1717  LysR substrate binding domain-containing protein  27.4 
 
 		 307 aa  105  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0492643 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1532  LysR substrate binding domain protein  27.4 
 
 		 307 aa  105  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1743  LysR substrate binding domain protein  27.4 
 
 		 307 aa  105  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.574272 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2774  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 337 aa  105  9e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0066556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2479  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0345  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 332 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 326 aa  104  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0145  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685524 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1647  transcriptional regulator, LysR family  26.71 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.997012  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2084  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0859391  normal  0.308177 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0092  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0215492  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2023  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.14781  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>