More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3707 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
406 aa  783    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5744  transcriptional regulator, LysR family  50.38 
 
 
434 aa  309  6.999999999999999e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0821476  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2093  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 
408 aa  292  9e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.883671  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  45.98 
 
 
415 aa  291  2e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31260  Transcriptional regulator, LysR family  45 
 
 
397 aa  286  2.9999999999999996e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3202  LysR family transcriptional regulator  43.94 
 
 
397 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0185561 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2516  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 
397 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2029  LysR family transcriptional regulator  43.18 
 
 
397 aa  276  4e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7575  LysR family transcriptional regulator  44.08 
 
 
417 aa  275  7e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  44.02 
 
 
419 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0094  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  40.15 
 
 
411 aa  248  1e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0095  LysR family substrate binding transcriptional regulator  40.45 
 
 
411 aa  248  1e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4119  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 
392 aa  243  6e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0331  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
417 aa  216  7e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3897  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 
414 aa  207  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3922  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
404 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03234  transcriptional regulator  33.74 
 
 
435 aa  181  2e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1366  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 
481 aa  179  1e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3891  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 
400 aa  176  8e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2816  LysR family transcriptional regulator  33.84 
 
 
383 aa  157  3e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0493129  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3271  LysR family transcriptional regulator  26.68 
 
 
421 aa  145  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000365661 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3811  LysR family transcriptional regulator  30.73 
 
 
426 aa  142  9e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.775008  normal  0.310651 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 
331 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2486  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 
296 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3543  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 
419 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0643746  normal  0.113442 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  35.4 
 
 
302 aa  127  4.0000000000000003e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 
320 aa  127  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 
299 aa  127  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0507  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 
384 aa  124  4e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 
317 aa  122  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 
320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 
320 aa  121  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3891  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
305 aa  121  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.314742  normal  0.132364 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 
313 aa  121  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1380  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
309 aa  119  7.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.306362  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 
351 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
321 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3275  transcriptional regulator, LysR family  27.12 
 
 
300 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0115346  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.78 
 
 
300 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3572  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 
322 aa  117  5e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 
325 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 
316 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5310  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
296 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 
306 aa  113  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5902  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 
307 aa  113  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.202203  normal  0.230241 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2373  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 
300 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0629728  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  31 
 
 
313 aa  112  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 
356 aa  112  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 
319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2394  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 
314 aa  111  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0640  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 
341 aa  110  4.0000000000000004e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.674011  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  29.94 
 
 
333 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5583  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 
299 aa  110  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00542603  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 
321 aa  110  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2084  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
308 aa  109  7.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0859391  normal  0.308177 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0720  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 
298 aa  109  7.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.317431 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01379  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.59 
 
 
307 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2224  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 
307 aa  108  1e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.1844  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 
317 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1504  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
307 aa  109  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01391  hypothetical protein  29.59 
 
 
307 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  26.84 
 
 
302 aa  109  1e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3466  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 
321 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.935879  normal  0.213991 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1752  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 
307 aa  108  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  1.53029e-17 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0338  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 
410 aa  109  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385737  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1647  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 
307 aa  109  1e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.997012  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2237  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
339 aa  109  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.956085 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1601  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
307 aa  109  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0863  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 
322 aa  108  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.267188 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 
323 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2503  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 
328 aa  108  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 
323 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4012  putative LysR family transcriptional regulator  30.06 
 
 
317 aa  107  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2027  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 
307 aa  107  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.294769  hitchhiker  0.0000000175537 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04629  transcriptional regulator  31 
 
 
328 aa  107  4e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 
341 aa  107  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  29.62 
 
 
335 aa  107  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2294  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 
318 aa  107  5e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 
339 aa  106  6e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1717  LysR substrate binding domain-containing protein  29.45 
 
 
307 aa  106  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0492643 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1803  LysR substrate binding domain-containing protein  29.45 
 
 
307 aa  106  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1739  LysR substrate binding domain protein  29.45 
 
 
307 aa  106  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1532  LysR substrate binding domain protein  29.45 
 
 
307 aa  106  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  28.48 
 
 
304 aa  106  8e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1743  LysR substrate binding domain protein  29.45 
 
 
307 aa  106  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.574272 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 
308 aa  105  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0457  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 
328 aa  105  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.973452  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1464  transcriptional regulator, LysR family  30.22 
 
 
325 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1848  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 
314 aa  105  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
314 aa  105  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
308 aa  105  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 
318 aa  105  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1964  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 
307 aa  104  3e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2459  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 
310 aa  104  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000478231 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2097  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 
306 aa  104  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.732708  normal  0.0491263 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 
312 aa  104  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5811  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 
303 aa  103  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638559  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
314 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 
316 aa  104  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 
316 aa  104  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>