More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1305 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1305  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  613  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000111615  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1713  LysR family transcriptional regulator  96.77 
 
 		 310 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0202364 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4006  LysR family transcriptional regulator  96.77 
 
 		 310 aa  591  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00309329  normal  0.374097 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1262  LysR family transcriptional regulator  91.61 
 
 		 310 aa  564  1e-160  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0948373  normal  0.0721838 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2337  pca operon transcriptional activator PcaQ  68.93 
 
 		 309 aa  425  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.269299  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38270  pca operon transcription factor PcaQ  68.4 
 
 		 310 aa  417  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  67.32 
 
 		 306 aa  408  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.547513  normal  0.230532 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0230  transcriptional regulator PcaQ  70.63 
 
 		 305 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01890  transcriptional regulator PcaQ  68.86 
 
 		 275 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.536002  normal  0.885717 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0310  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 310 aa  262  6.999999999999999e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.179801  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 321 aa  235  8e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1381  transcriptional regulator, LysR family  43.23 
 
 		 314 aa  215  5.9999999999999996e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.31695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1317  transcriptional regulator, LysR family  42.67 
 
 		 314 aa  215  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.754776  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7076  transcriptional regulator, LysR family  37.62 
 
 		 305 aa  208  8e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2686  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 303 aa  208  9e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.247375 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5938  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 305 aa  206  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.254792 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  41.47 
 
 		 327 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1440  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  42.35 
 
 		 319 aa  202  6e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1803  LysR substrate binding domain-containing protein  40 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0642  transcriptional regulator PcaQ  36.24 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1532  LysR substrate binding domain protein  40 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 316 aa  201  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1739  LysR substrate binding domain protein  40 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1717  LysR substrate binding domain-containing protein  40 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0492643 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1743  LysR substrate binding domain protein  40 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.574272 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3724  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0626  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 325 aa  200  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.284859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0604  pca operon transcription factor PcaQ  36.24 
 
 		 302 aa  200  3e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1856  LysR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 328 aa  199  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397268  normal  0.189017 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2774  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 337 aa  200  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0066556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2027  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 307 aa  195  8.000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.294769  hitchhiker  0.0000000175537 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2237  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 339 aa  195  9e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956085 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1601  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 307 aa  195  9e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1504  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 307 aa  195  9e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01379  predicted DNA-binding transcriptional regulator  41.61 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2224  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.1844  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1647  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.997012  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1752  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.53029e-17 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01391  hypothetical protein  41.61 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3489  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 330 aa  193  3e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.371565 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1759  Pca operon transcriptional activator PcaQ  44 
 
 		 334 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0219488  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0982  LysR family transcriptional regulator  44 
 
 		 334 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0983507  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0246  Pca operon transcriptional activator PcaQ  44 
 
 		 334 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.010271  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0317  pca operon transcription factor PcaQ  44 
 
 		 334 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1844  pca operon transcription factor PcaQ  44 
 
 		 334 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.282267  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1350  Pca operon transcriptional activator PcaQ  44 
 
 		 334 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0139604  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3888  LysR family transcriptional regulator  39.14 
 
 		 369 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0393  Pca operon transcriptional activator PcaQ  44.36 
 
 		 454 aa  188  8e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.439238  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1964  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1120  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 333 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00232816  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2503  LysR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3582  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 328 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.591894 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4175  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 328 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.387899  normal  0.0617168 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4192  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 328 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3342  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 328 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.893011  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3572  transcriptional regulator, LysR family  38.21 
 
 		 322 aa  178  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4418  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 325 aa  178  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.43525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4062  LysR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 328 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6124  pca operon transcription factor PcaQ  36.17 
 
 		 284 aa  176  5e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0261121  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4160  LysR family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 297 aa  170  3e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.181035 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0562  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 312 aa  168  1e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.260746  normal  0.122148 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5026  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.5 
 
 		 325 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.572063  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4012  putative LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 317 aa  159  7e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 351 aa  153  4e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4463  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 317 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 314 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 312 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 316 aa  126  6e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 316 aa  125  7e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 331 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.65 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.65 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.65 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  30.65 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.65 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.65 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 317 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.65 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  31.06 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  32.46 
 
 		 325 aa  122  6e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 302 aa  122  7e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 323 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.24 
 
 		 302 aa  122  9e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 316 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 316 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 316 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 306 aa  119  6e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 323 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 326 aa  117  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 320 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04629  transcriptional regulator  31.56 
 
 		 328 aa  116  3.9999999999999997e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2816  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 383 aa  116  5e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0493129  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 315 aa  116  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3439  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 311 aa  116  6e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.444229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3518  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 321 aa  114  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.625066  normal  0.0991501 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  30.13 
 
 		 313 aa  111  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 320 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 316 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>