More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1317 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1317  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 314 aa  613  1e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.754776  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1381  transcriptional regulator, LysR family  96.82 
 
 		 314 aa  597  1e-169  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.31695  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1440  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  81.25 
 
 		 319 aa  464  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1739  LysR substrate binding domain protein  51.25 
 
 		 307 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1803  LysR substrate binding domain-containing protein  51.25 
 
 		 307 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1743  LysR substrate binding domain protein  51.25 
 
 		 307 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.574272 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1717  LysR substrate binding domain-containing protein  51.25 
 
 		 307 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0492643 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1532  LysR substrate binding domain protein  51.25 
 
 		 307 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1964  LysR family transcriptional regulator  48.29 
 
 		 307 aa  266  2.9999999999999995e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4463  transcriptional regulator, LysR family  52.15 
 
 		 317 aa  265  7e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2237  LysR family transcriptional regulator  48.42 
 
 		 339 aa  263  2e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956085 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1504  LysR family transcriptional regulator  48.42 
 
 		 307 aa  262  4e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1601  LysR family transcriptional regulator  48.42 
 
 		 307 aa  262  4e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2027  transcriptional regulator, LysR family  48.42 
 
 		 307 aa  262  4e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.294769  hitchhiker  0.0000000175537 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1752  LysR family transcriptional regulator  48.07 
 
 		 307 aa  262  4.999999999999999e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.53029e-17 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1647  transcriptional regulator, LysR family  48.39 
 
 		 307 aa  262  4.999999999999999e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.997012  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01379  predicted DNA-binding transcriptional regulator  48.42 
 
 		 307 aa  262  6.999999999999999e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2224  transcriptional regulator, LysR family  48.42 
 
 		 307 aa  262  6.999999999999999e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.1844  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01391  hypothetical protein  48.42 
 
 		 307 aa  262  6.999999999999999e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2503  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 328 aa  260  2e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4012  putative LysR family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 317 aa  247  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  46.03 
 
 		 327 aa  243  3e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2774  LysR family transcriptional regulator  45.85 
 
 		 337 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0066556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3888  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 369 aa  239  4e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5026  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.93 
 
 		 325 aa  239  5e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.572063  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1856  LysR family transcriptional regulator  44.85 
 
 		 328 aa  236  4e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397268  normal  0.189017 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0246  Pca operon transcriptional activator PcaQ  45 
 
 		 334 aa  226  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.010271  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0982  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 334 aa  226  3e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0983507  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1350  Pca operon transcriptional activator PcaQ  45 
 
 		 334 aa  226  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0139604  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1844  pca operon transcription factor PcaQ  45 
 
 		 334 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.282267  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1759  Pca operon transcriptional activator PcaQ  45 
 
 		 334 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0219488  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0317  pca operon transcription factor PcaQ  45 
 
 		 334 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4175  LysR family transcriptional regulator  44.85 
 
 		 328 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.387899  normal  0.0617168 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0393  Pca operon transcriptional activator PcaQ  46.21 
 
 		 454 aa  222  6e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.439238  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4192  LysR family transcriptional regulator  44.85 
 
 		 328 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3342  LysR family transcriptional regulator  44.85 
 
 		 328 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.893011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1120  LysR family transcriptional regulator  44 
 
 		 333 aa  222  8e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00232816  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3582  LysR family transcriptional regulator  44 
 
 		 328 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.591894 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4418  LysR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 325 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.43525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4062  LysR family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 328 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1262  LysR family transcriptional regulator  43.65 
 
 		 310 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0948373  normal  0.0721838 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5938  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.254792 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3572  transcriptional regulator, LysR family  43.88 
 
 		 322 aa  215  5.9999999999999996e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3724  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 304 aa  215  7e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1305  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 310 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000111615  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0642  transcriptional regulator PcaQ  41.49 
 
 		 302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0604  pca operon transcription factor PcaQ  41.49 
 
 		 302 aa  212  7e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4006  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 310 aa  212  7e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00309329  normal  0.374097 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1713  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 310 aa  211  9e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0202364 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0626  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 325 aa  211  9e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.284859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 316 aa  209  7e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7076  transcriptional regulator, LysR family  38.74 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0230  transcriptional regulator PcaQ  41.83 
 
 		 305 aa  206  4e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38270  pca operon transcription factor PcaQ  41.39 
 
 		 310 aa  205  8e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3489  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 330 aa  204  2e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.371565 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.22 
 
 		 306 aa  192  6e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.547513  normal  0.230532 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 321 aa  191  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6124  pca operon transcription factor PcaQ  40.77 
 
 		 284 aa  188  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0261121  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2337  pca operon transcriptional activator PcaQ  40.14 
 
 		 309 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.269299  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2686  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.247375 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01890  transcriptional regulator PcaQ  42.91 
 
 		 275 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.536002  normal  0.885717 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0310  LysR family transcriptional regulator  40.92 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.179801  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0562  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 312 aa  177  2e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.260746  normal  0.122148 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4160  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 297 aa  166  4e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.181035 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 317 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 323 aa  135  8e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 315 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 306 aa  132  6e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  31.46 
 
 		 325 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 331 aa  130  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 351 aa  129  4.0000000000000003e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  29.68 
 
 		 302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.15 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.15 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  31.15 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.15 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.15 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.15 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.15 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  126  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.77 
 
 		 302 aa  125  9e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2394  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 314 aa  125  9e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0331  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 417 aa  125  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09120  Transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 314 aa  124  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.267768  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0289  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 339 aa  123  4e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 341 aa  122  8e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 317 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 323 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 316 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  34.4 
 
 		 314 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 323 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 314 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 415 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 321 aa  119  6e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 316 aa  119  6e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2516  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 397 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3202  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 397 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185561 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>