More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_2343 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_2343  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 237 aa  458  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.988261  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04629  transcriptional regulator  46.86 
 
 		 328 aa  179  2.9999999999999997e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  37.5 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 306 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 320 aa  113  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 315 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1464  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 325 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0837  LysR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 308 aa  112  7.000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.033112  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 341 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6124  pca operon transcription factor PcaQ  38.17 
 
 		 284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0261121  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  36.87 
 
 		 325 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 323 aa  109  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 326 aa  109  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5194  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 354 aa  109  5e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.215668 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 331 aa  106  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 317 aa  106  3e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 351 aa  106  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  38.61 
 
 		 321 aa  105  6e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 316 aa  105  8e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 314 aa  104  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 316 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4103  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 316 aa  103  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000348034 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 356 aa  103  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.98 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 321 aa  103  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  38.29 
 
 		 304 aa  102  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2459  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 310 aa  102  6e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000478231 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 313 aa  102  7e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1440  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  35.32 
 
 		 319 aa  101  9e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  31 
 
 		 298 aa  101  9e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 314 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 331 aa  101  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 316 aa  100  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  39.25 
 
 		 313 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.43 
 
 		 298 aa  100  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.95 
 
 		 302 aa  99.8  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  29.95 
 
 		 302 aa  99.8  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.95 
 
 		 302 aa  99.8  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  29.95 
 
 		 302 aa  99.8  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.95 
 
 		 302 aa  99.8  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.95 
 
 		 302 aa  99.8  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.95 
 
 		 302 aa  99.8  3e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.95 
 
 		 302 aa  99.4  4e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3518  LysR family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 321 aa  99  5e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.625066  normal  0.0991501 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 316 aa  99.4  5e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 316 aa  99  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 314 aa  99  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 314 aa  99  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7100  LysR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 305 aa  98.6  8e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 314 aa  98.2  9e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3466  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 321 aa  97.8  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.935879  normal  0.213991 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 335 aa  97.4  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 314 aa  98.2  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.44 
 
 		 302 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.33 
 
 		 306 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.547513  normal  0.230532 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2686  LysR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 303 aa  98.2  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.247375 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1890  LysR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 314 aa  97.8  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.329804 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 321 aa  97.8  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2156  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 313 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 317 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 302 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  35.87 
 
 		 319 aa  97.4  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2649  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 313 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0982  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 334 aa  96.3  3e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0983507  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0246  Pca operon transcriptional activator PcaQ  35.51 
 
 		 334 aa  96.3  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.010271  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1350  Pca operon transcriptional activator PcaQ  35.51 
 
 		 334 aa  96.3  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0139604  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0317  pca operon transcription factor PcaQ  35.51 
 
 		 334 aa  96.3  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1381  transcriptional regulator, LysR family  35.44 
 
 		 314 aa  96.3  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.31695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3724  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 304 aa  96.7  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1759  Pca operon transcriptional activator PcaQ  35.51 
 
 		 334 aa  96.3  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0219488  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1317  transcriptional regulator, LysR family  34.86 
 
 		 314 aa  96.3  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.754776  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1844  pca operon transcription factor PcaQ  35.51 
 
 		 334 aa  96.3  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.282267  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0145  LysR family transcriptional regulator  39.88 
 
 		 307 aa  96.7  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685524 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 323 aa  95.9  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0642  transcriptional regulator PcaQ  29.38 
 
 		 302 aa  96.3  4e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0604  pca operon transcription factor PcaQ  29.38 
 
 		 302 aa  96.3  4e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  37.93 
 
 		 304 aa  95.9  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1982  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 303 aa  95.9  5e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 321 aa  95.9  5e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 316 aa  95.9  5e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 316 aa  95.9  5e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 316 aa  95.9  5e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5754  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.57 
 
 		 305 aa  95.5  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 333 aa  95.9  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0393  Pca operon transcriptional activator PcaQ  35.35 
 
 		 454 aa  95.5  6e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.439238  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 323 aa  95.5  7e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 315 aa  95.1  9e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  34.78 
 
 		 315 aa  95.1  9e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3156  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 313 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1856  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 328 aa  94.4  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397268  normal  0.189017 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1209  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 314 aa  94.7  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 318 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3888  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 369 aa  94.4  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4160  LysR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 297 aa  94  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.181035 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38270  pca operon transcription factor PcaQ  35.85 
 
 		 310 aa  94  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 		 327 aa  94  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4012  putative LysR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 317 aa  94  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0494  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 312 aa  93.2  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.574474 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2774  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 337 aa  93.2  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0066556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 316 aa  93.2  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>