More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2373 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2373  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0629728  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3275  transcriptional regulator, LysR family  64.65 
 
 		 300 aa  403  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0115346  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  65.2 
 
 		 300 aa  402  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8309  transcriptional regulator, LysR family  48.34 
 
 		 318 aa  275  9e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0720  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 298 aa  261  1e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1380  LysR family transcriptional regulator  45.51 
 
 		 309 aa  252  6e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.306362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5902  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 307 aa  250  2e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.202203  normal  0.230241 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5583  transcriptional regulator, LysR family  44.22 
 
 		 299 aa  249  4e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00542603  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3891  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 305 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.314742  normal  0.132364 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2486  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5135  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.428363 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5310  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 296 aa  129  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5943  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.180862 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0713  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 328 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730012  normal  0.411699 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2000  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40236  normal  0.73412 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3116  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 298 aa  119  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.341096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6156  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2584  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 303 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0798399  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1974  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 303 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1662  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 309 aa  116  3.9999999999999997e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000992806  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2608  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 303 aa  116  6e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0889  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 338 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0886  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 338 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0376917  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 339 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 294 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0704  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 338 aa  112  6e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.271413  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0092  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 298 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0215492  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2479  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 298 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.55 
 
 		 298 aa  112  8.000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.31 
 
 		 299 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0345  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 332 aa  112  9e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5915  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 303 aa  112  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 406 aa  112  9e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0644  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 332 aa  112  9e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0772357  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 313 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.86 
 
 		 299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 297 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 297 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.54 
 
 		 298 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.99 
 
 		 298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  28.15 
 
 		 299 aa  110  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.62 
 
 		 299 aa  110  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.52 
 
 		 299 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.52 
 
 		 299 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 314 aa  109  5e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  27.06 
 
 		 325 aa  109  6e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1982  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.74 
 
 		 290 aa  109  6e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0403422 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 297 aa  109  6e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4372  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 315 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.52 
 
 		 302 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  29.18 
 
 		 314 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2632  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.724671  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  28.28 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  28.28 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5807  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 315 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.540169  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  22.68 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 303 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5053  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 315 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.173473  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  25.95 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 301 aa  107  3e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.18 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2503  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 306 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.18 
 
 		 302 aa  107  4e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.18 
 
 		 302 aa  107  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.18 
 
 		 302 aa  107  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.31 
 
 		 295 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4861  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.25 
 
 		 301 aa  106  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0956909 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.91 
 
 		 300 aa  106  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.8 
 
 		 315 aa  106  4e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.18 
 
 		 302 aa  107  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  28.18 
 
 		 302 aa  107  4e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  27.21 
 
 		 322 aa  106  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  27.92 
 
 		 305 aa  106  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.88 
 
 		 302 aa  106  5e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 		 302 aa  105  8e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 307 aa  105  8e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3700  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 332 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0546971  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 306 aa  104  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 296 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1678  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 318 aa  105  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3213  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 316 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.329095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5073  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 316 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2093  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 408 aa  105  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.883671  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 314 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 296 aa  103  2e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 292 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  27.33 
 
 		 327 aa  103  3e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 292 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.54 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  27.33 
 
 		 327 aa  103  3e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.54 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.54 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  27.65 
 
 		 316 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>