More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3271 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3271  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 421 aa  858    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000365661 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3922  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 404 aa  230  3e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0331  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 417 aa  204  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2816  LysR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 383 aa  186  5e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0493129  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03234  transcriptional regulator  31.48 
 
 		 435 aa  180  4.999999999999999e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3891  LysR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 400 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3897  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 414 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31260  Transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 397 aa  171  3e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2093  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 408 aa  170  6e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.883671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1366  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 481 aa  163  4.0000000000000004e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 419 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3202  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 397 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185561 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2516  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 397 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2029  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 397 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3811  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 426 aa  151  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.775008  normal  0.310651 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7575  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 417 aa  147  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3543  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 419 aa  145  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0643746  normal  0.113442 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  26.68 
 
 		 406 aa  145  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 415 aa  142  8e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5744  transcriptional regulator, LysR family  26.75 
 
 		 434 aa  142  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0821476  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0095  LysR family substrate binding transcriptional regulator  25.44 
 
 		 411 aa  132  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4119  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 392 aa  132  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0094  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  25.25 
 
 		 411 aa  132  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 351 aa  107  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2774  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 337 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0066556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  27.74 
 
 		 327 aa  103  5e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  24.25 
 
 		 321 aa  101  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1848  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 314 aa  100  4e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 313 aa  99.4  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  27.63 
 
 		 331 aa  99  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 320 aa  99.4  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3888  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 369 aa  98.6  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  24.74 
 
 		 302 aa  96.7  7e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 306 aa  96.7  7e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0338  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 410 aa  95.5  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385737  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 316 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 318 aa  94  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  26.46 
 
 		 299 aa  93.6  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5938  transcriptional regulator, LysR family  25.42 
 
 		 305 aa  93.2  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.254792 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  26.6 
 
 		 302 aa  91.3  3e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 321 aa  91.3  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1856  LysR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 328 aa  90.5  6e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397268  normal  0.189017 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 316 aa  90.1  7e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  26.58 
 
 		 325 aa  90.1  7e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 316 aa  90.1  7e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.81 
 
 		 298 aa  89.7  8e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 312 aa  89.7  9e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 321 aa  88.6  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1151  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 307 aa  88.6  2e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.88835 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0145  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 307 aa  88.6  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685524 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  25.44 
 
 		 304 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 316 aa  87.8  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 316 aa  87.4  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2686  LysR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 303 aa  87.4  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.247375 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 316 aa  87.4  4e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7076  transcriptional regulator, LysR family  24.32 
 
 		 305 aa  87.4  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62251  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 339 aa  87.4  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  26.71 
 
 		 314 aa  86.7  7e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  26.39 
 
 		 314 aa  86.3  8e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  25.62 
 
 		 304 aa  86.3  9e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.89 
 
 		 298 aa  85.9  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1890  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 314 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.329804 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 320 aa  85.9  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 316 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 314 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 314 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 321 aa  84.3  0.000000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 304 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 320 aa  84.3  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0310  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 310 aa  83.2  0.000000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.179801  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1759  Pca operon transcriptional activator PcaQ  27.46 
 
 		 334 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0219488  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0317  pca operon transcription factor PcaQ  27.46 
 
 		 334 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 356 aa  83.2  0.000000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1844  pca operon transcription factor PcaQ  27.46 
 
 		 334 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.282267  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0246  Pca operon transcriptional activator PcaQ  27.46 
 
 		 334 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.010271  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0982  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 334 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0983507  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0604  pca operon transcription factor PcaQ  25.43 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04629  transcriptional regulator  25.1 
 
 		 328 aa  83.2  0.000000000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 316 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1350  Pca operon transcriptional activator PcaQ  27.46 
 
 		 334 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0139604  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0642  transcriptional regulator PcaQ  25.43 
 
 		 302 aa  82.8  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 331 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3518  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 321 aa  81.6  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.625066  normal  0.0991501 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 315 aa  82  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3724  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 304 aa  81.6  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1964  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 307 aa  82  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2503  LysR family transcriptional regulator  24.16 
 
 		 328 aa  81.3  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0222  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 307 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5758  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0665563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1120  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 333 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00232816  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3822  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.563678  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4418  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 325 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.43525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4546  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.471439  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  22.84 
 
 		 316 aa  80.9  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1381  transcriptional regulator, LysR family  25.94 
 
 		 314 aa  80.5  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.31695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0289  LysR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 339 aa  80.5  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 314 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1464  transcriptional regulator, LysR family  26.22 
 
 		 325 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2168  transcriptional regulator, LysR family  23.55 
 
 		 310 aa  80.1  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1739  LysR substrate binding domain protein  26.91 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>