More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4677 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4677  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 343 aa  683    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0483253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0270  putative transcriptional regulator  35.69 
 
 		 305 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02390  putative transcriptional regulator  35.02 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.125777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4431  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203311  normal  0.0207668 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1431  transcriptional regulator, LysR family  36.14 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.30963  normal  0.127714 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0212  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2771  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 308 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.290913  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1472  transcriptional regulator, LysR family  36.14 
 
 		 301 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.106661  normal  0.120322 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54710  putative transcriptional regulator  35.91 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0282629  hitchhiker  0.000000212849 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2281  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 307 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 303 aa  162  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08140  Transcriptional regulator, LysR family  32.9 
 
 		 320 aa  157  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5002  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 304 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.415696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2148  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 317 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0402296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0234  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 304 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4781  putative transcriptional regulator  35.64 
 
 		 304 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5250  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.75 
 
 		 312 aa  151  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.3549  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0215  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24730  LysR family transcriptional regulator protein  33.33 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08180  Transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2622  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.342108  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2377  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0141  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0882865  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3174  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 300 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0241  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.69 
 
 		 315 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1834  transcriptional regulator, LysR family  29.67 
 
 		 312 aa  129  8.000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.202618  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1434  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 318 aa  129  8.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4326  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 		 309 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1355  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 307 aa  127  3e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4388  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4525  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2634  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 315 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 299 aa  118  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 319 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1982  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 303 aa  114  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 316 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 316 aa  113  6e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4014  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 316 aa  112  7.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.993243 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5754  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.94 
 
 		 305 aa  112  7.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2959  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 306 aa  109  5e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 320 aa  110  5e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 331 aa  110  5e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5761  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 315 aa  109  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 309 aa  109  7.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3429  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 315 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000037379  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 317 aa  108  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 300 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 300 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 308 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 308 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 307 aa  106  5e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 302 aa  106  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 320 aa  106  6e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 300 aa  106  6e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 313 aa  106  6e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 316 aa  105  9e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.83 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  25.83 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.83 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.83 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.83 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.83 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.83 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3572  transcriptional regulator, LysR family  39.89 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  25.83 
 
 		 302 aa  103  3e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.18 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  27.54 
 
 		 325 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 331 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  30.29 
 
 		 304 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 313 aa  103  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 297 aa  103  4e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.5 
 
 		 302 aa  103  6e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4699  LysR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 340 aa  102  7e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.254912  normal  0.0113206 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  33.61 
 
 		 302 aa  102  9e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 302 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 314 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 295 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.74 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1317  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 314 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.754776  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 314 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0352  transcriptional regulator, LysR family  38.66 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256379  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 298 aa  100  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2695  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 298 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.698088  normal  0.563748 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4542  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 296 aa  99.8  6e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1380  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 309 aa  99.4  7e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.306362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  26.09 
 
 		 302 aa  99.8  7e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 415 aa  99.8  7e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 314 aa  99  9e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 316 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1381  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 314 aa  99  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.31695  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  29.1 
 
 		 296 aa  98.6  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 316 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 320 aa  99  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 302 aa  99  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 316 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>