More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2959 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2959  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  625  1e-178  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3429  LysR family transcriptional regulator  51.18 
 
 		 315 aa  309  4e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000037379  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3174  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 300 aa  250  2e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4542  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 296 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0270  putative transcriptional regulator  30.07 
 
 		 305 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0215  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 314 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02390  putative transcriptional regulator  29.41 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.125777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0212  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 311 aa  135  9e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0234  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 304 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54710  putative transcriptional regulator  28.09 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0282629  hitchhiker  0.000000212849 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4781  putative transcriptional regulator  30.33 
 
 		 304 aa  122  7e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08180  Transcriptional regulator, LysR family  28.38 
 
 		 317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5002  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.415696  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24730  LysR family transcriptional regulator protein  28.38 
 
 		 317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0241  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.52 
 
 		 315 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08140  Transcriptional regulator, LysR family  28.09 
 
 		 320 aa  120  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5250  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.1 
 
 		 312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.3549  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4431  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 307 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203311  normal  0.0207668 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4388  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1848  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 314 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2148  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 317 aa  113  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0402296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2771  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.290913  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4677  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 343 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0483253  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2634  transcriptional regulator, LysR family  30.42 
 
 		 315 aa  109  5e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1434  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 318 aa  107  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0141  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 309 aa  106  5e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0882865  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4326  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 309 aa  104  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  28.1 
 
 		 303 aa  103  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  28.1 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2281  LysR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 307 aa  103  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 296 aa  102  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1834  transcriptional regulator, LysR family  26 
 
 		 312 aa  101  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.202618  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 300 aa  99.4  7e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1982  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 303 aa  99  8e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  25.94 
 
 		 298 aa  98.2  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 		 295 aa  98.6  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1355  transcriptional regulator, LysR family  25.41 
 
 		 307 aa  97.8  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  26.71 
 
 		 308 aa  97.8  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  26.71 
 
 		 332 aa  97.1  3e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  28.15 
 
 		 319 aa  97.4  3e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  26.91 
 
 		 326 aa  96.7  4e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  32.12 
 
 		 301 aa  96.7  4e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 310 aa  96.7  4e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5811  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 303 aa  96.3  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638559  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 300 aa  95.9  8e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0023  LysR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 307 aa  95.9  8e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.189031  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1678  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 318 aa  95.9  8e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2769  LysR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 307 aa  95.5  9e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0024  LysR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 307 aa  95.5  9e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0236  LysR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 307 aa  95.5  9e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0024  LysR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 307 aa  95.5  9e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1873  LysR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 307 aa  95.5  9e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3502  LysR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 307 aa  95.5  9e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2679  LysR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 307 aa  95.5  9e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.626987  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  27.48 
 
 		 289 aa  95.1  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 317 aa  94.7  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1974  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 303 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2584  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 303 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0798399  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2608  LysR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 303 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 299 aa  94  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 305 aa  93.6  4e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.46 
 
 		 302 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.46 
 
 		 302 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.46 
 
 		 302 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4901  LysR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 294 aa  93.2  5e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6604  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 315 aa  93.2  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0610737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5915  LysR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 303 aa  93.2  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.46 
 
 		 302 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.46 
 
 		 302 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  27.46 
 
 		 302 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.46 
 
 		 302 aa  92.8  6e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2622  transcriptional regulator, LysR family  25.67 
 
 		 308 aa  92.4  8e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.342108  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5335  LysR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 294 aa  92.4  9e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 300 aa  92.4  9e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0243  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 302 aa  92.4  9e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 300 aa  92.4  9e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2000  transcriptional regulator, LysR family  28.04 
 
 		 299 aa  92.4  9e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40236  normal  0.73412 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2503  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 306 aa  92.4  9e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 307 aa  91.7  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  22.9 
 
 		 306 aa  92  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.957194 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1795  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00491108  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2632  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 306 aa  92  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.724671  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.11 
 
 		 302 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  25.25 
 
 		 300 aa  91.7  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0713  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 328 aa  91.3  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730012  normal  0.411699 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  31.63 
 
 		 300 aa  91.7  2e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2377  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 294 aa  90.9  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 289 aa  91.3  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  27.11 
 
 		 302 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 300 aa  90.5  3e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 300 aa  90.5  3e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5392  transcriptional regulator, LysR family  25.57 
 
 		 294 aa  90.5  3e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4914  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 294 aa  90.9  3e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4084  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 302 aa  90.1  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3760  transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 		 320 aa  89.7  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5069  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 294 aa  90.1  5e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5454  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 294 aa  90.1  5e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.533779  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.5 
 
 		 298 aa  89.7  6e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>