More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0141 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0141  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 309 aa  645    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0882865  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4326  transcriptional regulator, LysR family  95.78 
 
 		 309 aa  619  1e-176  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2634  transcriptional regulator, LysR family  75.24 
 
 		 315 aa  491  9.999999999999999e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0215  LysR family transcriptional regulator  52.82 
 
 		 314 aa  324  1e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5002  LysR family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 304 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.415696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0234  LysR family transcriptional regulator  49.34 
 
 		 304 aa  302  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08180  Transcriptional regulator, LysR family  50.5 
 
 		 317 aa  297  1e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24730  LysR family transcriptional regulator protein  50.5 
 
 		 317 aa  297  2e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0270  putative transcriptional regulator  44.08 
 
 		 305 aa  267  2e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02390  putative transcriptional regulator  43.42 
 
 		 305 aa  264  1e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.125777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0212  LysR family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 311 aa  258  1e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08140  Transcriptional regulator, LysR family  38.82 
 
 		 320 aa  229  6e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2622  transcriptional regulator, LysR family  41.33 
 
 		 308 aa  226  3e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.342108  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1434  transcriptional regulator, LysR family  39.55 
 
 		 318 aa  223  3e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1834  transcriptional regulator, LysR family  39.23 
 
 		 312 aa  221  9.999999999999999e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.202618  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4431  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 307 aa  219  6e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203311  normal  0.0207668 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1355  transcriptional regulator, LysR family  38.96 
 
 		 307 aa  215  7e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 303 aa  189  4e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54710  putative transcriptional regulator  33.99 
 
 		 304 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0282629  hitchhiker  0.000000212849 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4781  putative transcriptional regulator  41.92 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2771  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.290913  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2281  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 307 aa  153  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1472  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 301 aa  142  5e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.106661  normal  0.120322 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5250  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.48 
 
 		 312 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.3549  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1431  transcriptional regulator, LysR family  32.95 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.30963  normal  0.127714 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4677  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 343 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0483253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0241  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.07 
 
 		 315 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4525  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2377  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 294 aa  122  9.999999999999999e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2148  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 317 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0402296  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4542  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4014  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.993243 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3429  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000037379  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3174  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5754  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.49 
 
 		 305 aa  109  7.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2130  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  27.76 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.809904  hitchhiker  0.00950877 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2959  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 306 aa  106  5e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 306 aa  105  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 305 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 289 aa  104  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4388  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1982  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 303 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5761  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 315 aa  102  7e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  30.13 
 
 		 302 aa  102  7e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.05 
 
 		 298 aa  102  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.72 
 
 		 304 aa  101  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  29.58 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  26.23 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  30.05 
 
 		 322 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05499  transcriptional regulator  30.19 
 
 		 298 aa  100  4e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 297 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4814  transcriptional regulator, LysR family  30.57 
 
 		 299 aa  100  4e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  30.57 
 
 		 299 aa  100  4e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 297 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 297 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 300 aa  99  8e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 300 aa  99  8e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 300 aa  99  8e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 300 aa  99  8e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  31.55 
 
 		 300 aa  99  8e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 300 aa  99  8e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 300 aa  99  8e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  30.05 
 
 		 299 aa  99  9e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 300 aa  99  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.44 
 
 		 297 aa  98.6  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0811  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 296 aa  98.2  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 300 aa  99  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001561  transcriptional regulator LysR family  27.09 
 
 		 296 aa  97.8  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4244  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 298 aa  98.2  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.291884 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 299 aa  97.8  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 299 aa  97.1  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 306 aa  97.1  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 297 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.8 
 
 		 302 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  28.5 
 
 		 302 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.93 
 
 		 295 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  30.5 
 
 		 297 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1242  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 293 aa  95.1  1e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.120176 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 307 aa  95.1  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2069  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 326 aa  95.5  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.18458  hitchhiker  0.00114846 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 300 aa  94.7  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1720  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 289 aa  94.4  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178865  normal  0.0235109 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 300 aa  94.7  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 317 aa  94  3e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 322 aa  94  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 313 aa  93.6  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  27.69 
 
 		 290 aa  93.2  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.63 
 
 		 298 aa  93.2  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 316 aa  93.2  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  32.9 
 
 		 305 aa  92.8  7e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.34 
 
 		 298 aa  92.4  8e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4446  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 306 aa  92.4  9e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.553142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 307 aa  92.4  9e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 307 aa  92  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  24.31 
 
 		 293 aa  92  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  28.35 
 
 		 294 aa  91.7  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  30.65 
 
 		 300 aa  92  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>