More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4542 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4542  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  600  1e-170  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3429  LysR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 315 aa  235  5.0000000000000005e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000037379  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2959  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 306 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3174  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 300 aa  177  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08140  Transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 320 aa  129  7.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24730  LysR family transcriptional regulator protein  27.94 
 
 		 317 aa  123  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08180  Transcriptional regulator, LysR family  27.94 
 
 		 317 aa  123  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0270  putative transcriptional regulator  31.44 
 
 		 305 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0215  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 314 aa  122  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5250  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.03 
 
 		 312 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.3549  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54710  putative transcriptional regulator  31.5 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0282629  hitchhiker  0.000000212849 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0212  LysR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 311 aa  119  9e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0141  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0882865  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5002  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.415696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02390  putative transcriptional regulator  30.57 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.125777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4326  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 309 aa  117  3e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 303 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2634  transcriptional regulator, LysR family  31.86 
 
 		 315 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 298 aa  115  7.999999999999999e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0234  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4781  putative transcriptional regulator  33.5 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 300 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 305 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 300 aa  109  5e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  36.76 
 
 		 300 aa  109  6e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 300 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 299 aa  108  8.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0352  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 294 aa  106  5e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4431  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 307 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203311  normal  0.0207668 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  32.99 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1381  transcriptional regulator, LysR family  28.43 
 
 		 314 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.31695  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  28.68 
 
 		 303 aa  102  7e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0241  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.12 
 
 		 315 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 292 aa  100  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 295 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 295 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  33.16 
 
 		 295 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1667  transcriptional regulator CysB  33.16 
 
 		 324 aa  99.8  4e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00185974  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.17 
 
 		 298 aa  100  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 295 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4677  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 343 aa  99.8  5e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0483253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1317  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 314 aa  98.2  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.754776  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1982  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 303 aa  96.7  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 311 aa  96.7  5e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4388  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 308 aa  96.3  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 318 aa  96.3  6e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  33.01 
 
 		 350 aa  95.9  7e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4003  transcriptional regulator CysB  31.58 
 
 		 324 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.260583  normal  0.45598 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 295 aa  95.5  9e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 316 aa  95.5  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1737  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 308 aa  95.1  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.379475  normal  0.96466 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1431  transcriptional regulator, LysR family  29.15 
 
 		 301 aa  95.1  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.30963  normal  0.127714 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0699  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 295 aa  95.1  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3323  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 295 aa  95.5  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0711414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0038  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 294 aa  95.1  1e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1271  LysR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 305 aa  94.4  2e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0459918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1768  transcriptional regulator CysB  31.05 
 
 		 324 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000142013 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  29 
 
 		 298 aa  94  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 304 aa  93.6  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 295 aa  94  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2546  transcriptional regulator CysB  31.96 
 
 		 324 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000891923 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  38.36 
 
 		 304 aa  94  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0843  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 293 aa  93.6  4e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 310 aa  93.2  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2069  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 326 aa  93.6  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.18458  hitchhiker  0.00114846 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0551  transcriptional regulator, LysR family protein  30.1 
 
 		 294 aa  93.6  4e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1472  transcriptional regulator, LysR family  29.15 
 
 		 301 aa  92.8  6e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.106661  normal  0.120322 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 311 aa  92.8  6e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3443  transcriptional regulator CysB  30.53 
 
 		 324 aa  92.4  7e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0457028  hitchhiker  0.00255719 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2327  transcriptional regulator CysB  30.53 
 
 		 324 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.184075  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1928  transcriptional regulator CysB  30.53 
 
 		 324 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0221409  hitchhiker  0.0000000000199307 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2279  Cys regulon transcriptional activator  30.41 
 
 		 324 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0003435  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2771  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 308 aa  92.4  8e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.290913  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1355  transcriptional regulator, LysR family  26.83 
 
 		 307 aa  92.4  8e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2778  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 302 aa  92.4  8e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23055  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2673  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 303 aa  92.4  9e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 306 aa  92.4  9e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.96 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  26.96 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.96 
 
 		 302 aa  91.7  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1243  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 307 aa  91.7  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.220113  normal  0.0485343 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1834  transcriptional regulator, LysR family  25.61 
 
 		 312 aa  92  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.202618  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  41.38 
 
 		 304 aa  91.7  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.96 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.96 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.96 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.96 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  26.96 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2079  HTH-type transcriptional regulator  30.21 
 
 		 318 aa  91.3  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.676959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 303 aa  91.3  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2885  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 298 aa  91.3  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2622  transcriptional regulator, LysR family  27.35 
 
 		 308 aa  91.3  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.342108  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3237  LysR family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 297 aa  90.9  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>