More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_2673 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_2673  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  610  9.999999999999999e-175  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0360  LysR family transcriptional regulator  58.36 
 
 		 313 aa  365  1e-100  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4866  transcriptional regulator, LysR family  35.97 
 
 		 304 aa  207  3e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1826  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 327 aa  154  2e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3736  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 309 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4911  transcriptional regulator, LysR family  28.85 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000218109  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4615  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 307 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.40562  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0809  transcriptional regulator, LysR family  28.93 
 
 		 321 aa  133  3e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0810  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 307 aa  134  3e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3737  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.295793  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3534  LysR substrate-binding protein  28.11 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0933  transcriptional regulator, LysR family  27.81 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2038  transcriptional regulator, LysR family  26.74 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367064  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 293 aa  109  5e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0650  transcriptional regulator, LysR family  25.47 
 
 		 313 aa  108  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.344002 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0714  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0727  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 298 aa  107  4e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 300 aa  106  5e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 300 aa  106  5e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  27.92 
 
 		 320 aa  106  5e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  29.28 
 
 		 300 aa  106  6e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 		 300 aa  105  7e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_002950  PG0270  redox-sensitive transcriptional activator OxyR  27.95 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  23.34 
 
 		 301 aa  104  1e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  28.95 
 
 		 300 aa  103  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1923  transcriptional regulator, LysR family  29.84 
 
 		 324 aa  104  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 315 aa  104  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  22.3 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 		 300 aa  103  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  22.87 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  23.13 
 
 		 308 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2450  transcriptional regulator, LysR family  26.24 
 
 		 311 aa  103  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 316 aa  103  4e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  22.8 
 
 		 308 aa  102  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  28.57 
 
 		 320 aa  102  6e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  28.34 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2195  transcriptional regulator CysB  28.68 
 
 		 324 aa  102  9e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000422628 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01251  DNA-binding transcriptional dual regulator, O-acetyl-L-serine-binding  28.68 
 
 		 324 aa  101  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.255079  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2374  transcriptional regulator, LysR family  28.68 
 
 		 324 aa  101  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00240492  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1907  transcriptional regulator CysB  28.68 
 
 		 324 aa  101  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0524894  hitchhiker  2.34231e-17 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1501  transcriptional regulator CysB  28.68 
 
 		 324 aa  101  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.7918  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1414  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 290 aa  101  1e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.832122 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2353  transcriptional regulator CysB  28.68 
 
 		 324 aa  101  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0011024  unclonable  0.000000022716 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 308 aa  102  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01261  hypothetical protein  28.68 
 
 		 324 aa  101  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.234561  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08961  transcriptional regulator, LysR family protein  25.77 
 
 		 312 aa  102  1e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0301  transcriptional regulator CysB  29.07 
 
 		 324 aa  102  1e-20  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1384  transcriptional regulator CysB  28.68 
 
 		 324 aa  101  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1475  transcriptional regulator CysB  28.68 
 
 		 324 aa  101  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00044374  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1856  transcriptional regulator CysB  28.68 
 
 		 324 aa  101  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.314733  hitchhiker  2.57931e-19 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2032  transcriptional regulator CysB  29.07 
 
 		 324 aa  100  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30659  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  28 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 317 aa  101  2e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1922  transcriptional regulator CysB  29.07 
 
 		 324 aa  100  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.303693  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 301 aa  101  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2228  transcriptional regulator CysB  29.07 
 
 		 324 aa  100  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000587269  hitchhiker  0.00110252 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1477  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.876533  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  23.28 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 297 aa  100  4e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2317  transcriptional regulator CysB  28.68 
 
 		 324 aa  100  4e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2950  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 305 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.954303 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2016  transcriptional regulator CysB  28.68 
 
 		 324 aa  99.8  5e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.251178  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  23.28 
 
 		 308 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 299 aa  99.8  5e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 292 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0849  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 310 aa  99.8  5e-20  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1575  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 278 aa  99.8  5e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.684291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 320 aa  99.8  5e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 310 aa  99.8  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.53 
 
 		 305 aa  99.8  5e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2161  transcriptional regulator, LysR family  28.68 
 
 		 324 aa  99.8  5e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.281423  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0048  transcriptional regulator, LysR family  28.39 
 
 		 298 aa  99.4  7e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.968768  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6511  transcriptional regulator, LysR family  28.9 
 
 		 315 aa  98.6  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  0.0531961 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  23.23 
 
 		 302 aa  98.2  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 292 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2656  transcriptional regulator CysB  28.29 
 
 		 324 aa  98.6  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00546956  unclonable  0.0000000382364 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  27.31 
 
 		 303 aa  98.2  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1902  transcriptional regulator CysB  27.91 
 
 		 324 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.834508  hitchhiker  4.2824e-16 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 292 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1434  transcriptional regulator CysB  27.91 
 
 		 324 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00237388  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1844  transcriptional regulator CysB  27.91 
 
 		 324 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00679598 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4982  transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 		 298 aa  98.2  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.767822 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0370  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.825103  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.14 
 
 		 305 aa  97.4  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  26.77 
 
 		 295 aa  98.2  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1497  transcriptional regulator CysB  27.8 
 
 		 324 aa  97.8  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000166035  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 299 aa  97.8  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.05 
 
 		 305 aa  98.2  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 308 aa  97.8  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.05 
 
 		 305 aa  98.2  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  24.11 
 
 		 316 aa  97.4  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.05 
 
 		 305 aa  98.2  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1840  transcriptional regulator CysB  27.52 
 
 		 324 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000484032 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>