More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3429 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3429  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 315 aa  642    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000037379  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2959  LysR family transcriptional regulator  51.18 
 
 		 306 aa  309  4e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3174  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 300 aa  241  1e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4542  LysR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 296 aa  235  6e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54710  putative transcriptional regulator  31.89 
 
 		 304 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0282629  hitchhiker  0.000000212849 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 303 aa  152  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4781  putative transcriptional regulator  31.89 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0270  putative transcriptional regulator  30.23 
 
 		 305 aa  135  8e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0234  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 304 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08180  Transcriptional regulator, LysR family  29.05 
 
 		 317 aa  131  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5002  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.415696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0215  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 314 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24730  LysR family transcriptional regulator protein  29.05 
 
 		 317 aa  131  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02390  putative transcriptional regulator  29.24 
 
 		 305 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.125777  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08140  Transcriptional regulator, LysR family  31.7 
 
 		 320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0241  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.71 
 
 		 315 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2771  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.290913  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0212  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 311 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5250  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.38 
 
 		 312 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.3549  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4326  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 309 aa  119  7e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0141  transcriptional regulator, LysR family  31.63 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0882865  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2622  transcriptional regulator, LysR family  28.48 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.342108  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4431  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203311  normal  0.0207668 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2281  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 307 aa  114  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1355  transcriptional regulator, LysR family  26 
 
 		 307 aa  112  9e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1434  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 318 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2634  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4388  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  110  3e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 300 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 		 300 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 298 aa  109  5e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 300 aa  109  5e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6822  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 299 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 300 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1834  transcriptional regulator, LysR family  27 
 
 		 312 aa  109  7.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.202618  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4677  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 343 aa  109  7.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0483253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  32.82 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1431  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 301 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.30963  normal  0.127714 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2148  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 317 aa  105  7e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0402296  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1472  transcriptional regulator, LysR family  28.17 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.106661  normal  0.120322 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  27.21 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 317 aa  104  3e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 317 aa  104  3e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 317 aa  104  3e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 317 aa  103  3e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  26.89 
 
 		 317 aa  104  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  26.89 
 
 		 317 aa  104  3e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 297 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  27.52 
 
 		 319 aa  101  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 297 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1380  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 309 aa  100  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.306362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1848  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 314 aa  99.4  8e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  30.4 
 
 		 319 aa  98.6  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 298 aa  97.8  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 319 aa  97.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  26.05 
 
 		 300 aa  98.2  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 297 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 297 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3665  transcriptional regulator CysB-like protein  30.93 
 
 		 313 aa  96.7  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.891363 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 311 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0843  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 293 aa  96.3  5e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 317 aa  96.3  5e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  27.1 
 
 		 301 aa  96.7  5e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 296 aa  96.3  6e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 295 aa  95.9  7e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1907  transcriptional regulator  25.66 
 
 		 289 aa  95.9  8e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  26.45 
 
 		 301 aa  95.5  9e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 295 aa  95.5  9e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  24.75 
 
 		 296 aa  95.5  9e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1982  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 303 aa  95.5  9e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 295 aa  95.5  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 299 aa  95.5  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  25.72 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2393  transcriptional regulator CysB-like protein  31.44 
 
 		 313 aa  95.1  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5807  transcriptional regulator CysB-like protein  31.44 
 
 		 313 aa  95.5  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 322 aa  95.5  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0969  transcriptional regulator CysB-like protein  30.41 
 
 		 313 aa  95.1  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2481  transcriptional regulator CysB-like protein  31.44 
 
 		 313 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  26.26 
 
 		 316 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  25.08 
 
 		 295 aa  95.5  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1865  transcriptional regulator CysB-like protein  31.44 
 
 		 313 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  27.45 
 
 		 297 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2525  transcriptional regulator CysB-like protein  31.44 
 
 		 313 aa  95.1  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2476  transcriptional regulator CysB-like protein  31.44 
 
 		 313 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.14516  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 295 aa  94.7  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 311 aa  94.7  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0813  transcriptional regulator CysB-like protein  31.44 
 
 		 313 aa  94.4  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  24.65 
 
 		 294 aa  94.4  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 317 aa  94.4  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 295 aa  94.4  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 323 aa  94.4  2e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0551  transcriptional regulator, LysR family protein  23.7 
 
 		 294 aa  94.7  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1907  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 308 aa  94.7  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.279335  unclonable  0.0000102783 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2349  transcriptional regulator CysB-like protein  31.44 
 
 		 313 aa  94  3e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>