More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2281 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2281  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  608  1e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2771  LysR family transcriptional regulator  50.66 
 
 		 308 aa  295  6e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.290913  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1431  transcriptional regulator, LysR family  53.02 
 
 		 301 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.30963  normal  0.127714 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1472  transcriptional regulator, LysR family  52.67 
 
 		 301 aa  270  2e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.106661  normal  0.120322 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5250  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.85 
 
 		 312 aa  189  4e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.3549  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2148  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 317 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0402296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54710  putative transcriptional regulator  38.46 
 
 		 304 aa  175  8e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0282629  hitchhiker  0.000000212849 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08140  Transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 		 320 aa  171  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4677  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 343 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0483253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4781  putative transcriptional regulator  38.8 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0241  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.53 
 
 		 315 aa  162  6e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5002  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.415696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0212  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 311 aa  159  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0234  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 304 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0270  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  159  6e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08180  Transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 317 aa  159  7e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24730  LysR family transcriptional regulator protein  39.19 
 
 		 317 aa  159  7e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02390  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.125777  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0141  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 309 aa  153  4e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0882865  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0215  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 314 aa  151  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4431  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 307 aa  149  9e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203311  normal  0.0207668 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4326  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 		 309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2634  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4525  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 300 aa  146  5e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1982  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 303 aa  145  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5754  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.1 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4388  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 308 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2377  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 294 aa  135  9e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1434  transcriptional regulator, LysR family  32.12 
 
 		 318 aa  124  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1834  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 312 aa  122  8e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.202618  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2622  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.342108  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5761  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 315 aa  119  4.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4014  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 316 aa  116  6e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.993243 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1355  transcriptional regulator, LysR family  30.13 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3429  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 315 aa  114  3e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000037379  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2959  LysR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 306 aa  103  5e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3174  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3718  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 308 aa  92.8  6e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4542  LysR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 296 aa  89.7  5e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  39.72 
 
 		 313 aa  89.7  5e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 310 aa  89  9e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5031  transcriptional regulator, LysR family  40.77 
 
 		 289 aa  88.6  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.339518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1501  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 311 aa  87  4e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 319 aa  87  4e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3244  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 306 aa  86.7  5e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  32.93 
 
 		 311 aa  85.9  8e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2373  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0629728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6121  putative transcriptional regulator  30.27 
 
 		 310 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 316 aa  85.5  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 309 aa  85.1  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70560  LysR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 310 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 304 aa  84.3  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5902  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 307 aa  84.7  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.202203  normal  0.230241 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.94 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.94 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.94 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.94 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.94 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4396  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 309 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.20014 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.94 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5357  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.164156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4649  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 315 aa  83.2  0.000000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.94 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  35.58 
 
 		 306 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 308 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  41.13 
 
 		 306 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  41.13 
 
 		 306 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  40 
 
 		 292 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3378  transcriptional regulator, LysR family  36.76 
 
 		 306 aa  82.4  0.000000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.587515  normal  0.118229 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4119  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 392 aa  82.4  0.000000000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 406 aa  82.4  0.000000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3312  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 303 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00186947  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.95 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 317 aa  82  0.00000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0095  LysR family substrate binding transcriptional regulator  26.85 
 
 		 411 aa  82  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.41 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3170  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 294 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 310 aa  82  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0094  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  26.85 
 
 		 411 aa  82  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 294 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 318 aa  82  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  40.25 
 
 		 308 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.11 
 
 		 307 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 303 aa  81.6  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5558  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 309 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  34.51 
 
 		 307 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 336 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1271  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 305 aa  80.5  0.00000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0459918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4876  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 335 aa  80.1  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0982311 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 318 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2841  putative transcriptional regulator  32.8 
 
 		 308 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.619943 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 302 aa  80.5  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2737  putative transcriptional regulator  32.8 
 
 		 308 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.093098  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2953  putative transcriptional regulator  32.8 
 
 		 308 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>