More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2377 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2377  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  572  1.0000000000000001e-162  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4014  LysR family transcriptional regulator  63.95 
 
 		 316 aa  368  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.993243 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4525  LysR family transcriptional regulator  50.67 
 
 		 300 aa  285  9e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5754  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.81 
 
 		 305 aa  176  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1982  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 303 aa  176  5e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0241  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.31 
 
 		 315 aa  152  8e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4388  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0270  putative transcriptional regulator  35 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02390  putative transcriptional regulator  34.33 
 
 		 305 aa  135  8e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.125777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2281  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 307 aa  135  9e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4677  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 343 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0483253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5761  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 315 aa  124  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2148  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 317 aa  123  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0402296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0212  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 311 aa  123  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4431  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 307 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203311  normal  0.0207668 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0141  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 309 aa  122  9e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0882865  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54710  putative transcriptional regulator  35.76 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0282629  hitchhiker  0.000000212849 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4781  putative transcriptional regulator  36.27 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08140  Transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 320 aa  118  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4326  transcriptional regulator, LysR family  33.07 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1431  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 301 aa  116  5e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.30963  normal  0.127714 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1472  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.106661  normal  0.120322 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1834  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 312 aa  112  5e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.202618  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1434  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 318 aa  112  6e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5250  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.32 
 
 		 312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.3549  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2771  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 308 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.290913  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2622  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 308 aa  103  4e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.342108  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0234  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 304 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2634  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 315 aa  103  4e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0215  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 314 aa  102  7e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3174  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 300 aa  102  8e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5002  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 304 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.415696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 319 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1355  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 307 aa  98.6  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24730  LysR family transcriptional regulator protein  30.61 
 
 		 317 aa  97.4  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08180  Transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 317 aa  97.1  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.47 
 
 		 300 aa  96.7  5e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 306 aa  96.3  6e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0709  transcriptional regulator OxyR, putative  37.7 
 
 		 301 aa  95.5  9e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1282  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 293 aa  95.5  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.20294  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2844  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 327 aa  94.4  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  31.55 
 
 		 303 aa  94.7  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 309 aa  94.4  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0665  putative transcriptional regulator OxyR  38.55 
 
 		 301 aa  94.4  2e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1664  LysR substrate-binding protein  33.18 
 
 		 288 aa  94  3e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.6 
 
 		 304 aa  93.2  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 301 aa  93.2  4e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  33.65 
 
 		 303 aa  93.2  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4681  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 304 aa  92.4  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.468795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.62 
 
 		 307 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.09 
 
 		 328 aa  92  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 307 aa  91.7  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 313 aa  91.3  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2959  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 306 aa  90.9  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.21 
 
 		 315 aa  90.9  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08961  transcriptional regulator, LysR family protein  31.69 
 
 		 312 aa  90.1  4e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 305 aa  89.4  7e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0038  transcriptional regulator, LysR family  36.16 
 
 		 300 aa  89  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.744574 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  28.45 
 
 		 304 aa  89  9e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0037  transcriptional regulator, LysR family  36.16 
 
 		 300 aa  89  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.279269  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 307 aa  88.6  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4725  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 304 aa  88.2  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0212  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 306 aa  88.6  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  33.52 
 
 		 320 aa  88.2  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2055  LysR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 302 aa  88.2  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.505103  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2269  transcriptional regulator, LysR family  33.16 
 
 		 303 aa  88.2  2e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1190  transcriptional regulator, LysR family  34.05 
 
 		 308 aa  87.4  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0602294 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.15 
 
 		 298 aa  87.8  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 310 aa  87.8  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  29.51 
 
 		 294 aa  87  3e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  28.45 
 
 		 304 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3700  LysR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 332 aa  87  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0546971  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 293 aa  87.4  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3244  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 306 aa  87.4  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28.35 
 
 		 296 aa  87  4e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0324  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 318 aa  86.7  4e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0489134 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2092  transcriptional regulator, LysR family  37.32 
 
 		 298 aa  86.7  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 298 aa  87  4e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 298 aa  86.3  5e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 297 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31 
 
 		 298 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 301 aa  86.7  5e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31 
 
 		 298 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 303 aa  86.3  5e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31 
 
 		 298 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 306 aa  86.7  5e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  29.67 
 
 		 319 aa  86.3  6e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3367  oxidative stress regulatory protein  29.67 
 
 		 319 aa  86.3  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 315 aa  86.3  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  29.67 
 
 		 319 aa  86.3  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 297 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  85.9  7e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 297 aa  85.9  8e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09290  transcriptional regulator  29.15 
 
 		 316 aa  85.9  8e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.240748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1501  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 311 aa  85.9  8e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 313 aa  85.9  8e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  29.67 
 
 		 319 aa  85.5  9e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.73 
 
 		 302 aa  85.5  9e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>