More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_2844 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_2844  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 327 aa  670    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2148  LysR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 317 aa  112  7.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0402296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0241  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  23.76 
 
 		 315 aa  109  8.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.15 
 
 		 298 aa  100  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  26.49 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0215  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 314 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 314 aa  94.7  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.91 
 
 		 298 aa  94.7  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08180  Transcriptional regulator, LysR family  24.83 
 
 		 317 aa  94.7  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24730  LysR family transcriptional regulator protein  24.5 
 
 		 317 aa  94.4  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2377  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 294 aa  94.4  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4388  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 308 aa  94  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2771  LysR family transcriptional regulator  22.52 
 
 		 308 aa  89.4  8e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.290913  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.75 
 
 		 298 aa  89  9e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  25.41 
 
 		 304 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 303 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08140  Transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 320 aa  86.7  5e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 314 aa  86.3  7e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54710  putative transcriptional regulator  25.2 
 
 		 304 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0282629  hitchhiker  0.000000212849 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 304 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 314 aa  85.9  9e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 314 aa  85.9  9e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1890  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 314 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.329804 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2993  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 319 aa  85.1  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.462363 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0946  transcriptional regulator, LysR family  25.93 
 
 		 304 aa  85.5  0.000000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0379301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3097  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 319 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5754  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  21.54 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4677  LysR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 343 aa  84  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0483253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2940  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0170064  decreased coverage  0.0000113665 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5002  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 304 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.415696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0811  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1472  transcriptional regulator, LysR family  23.46 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.106661  normal  0.120322 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  27.66 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0141  transcriptional regulator, LysR family  24.58 
 
 		 309 aa  83.6  0.000000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0882865  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3552  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.964874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1183  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3648  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 307 aa  82.8  0.000000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6763  transcriptional regulator, LysR family  25.83 
 
 		 303 aa  82.8  0.000000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  28.44 
 
 		 331 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0956  transcriptional regulator, LysR family  31.35 
 
 		 306 aa  82.8  0.000000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1434  transcriptional regulator, LysR family  24.27 
 
 		 318 aa  82.8  0.000000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0234  LysR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1666  transcriptional regulator, LysR family  24.25 
 
 		 302 aa  82  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.883412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1769  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 291 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0244764  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5460  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.37 
 
 		 323 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4525  LysR family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 300 aa  82.4  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4326  transcriptional regulator, LysR family  24.17 
 
 		 309 aa  81.3  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2418  transcriptional regulator  27.84 
 
 		 294 aa  81.6  0.00000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0285418 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2301  transcriptional regulator, LysR family  28.1 
 
 		 322 aa  81.6  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4014  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 314 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.548061  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 313 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3466  LysR family transcriptional regulator  22.26 
 
 		 321 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.935879  normal  0.213991 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2634  transcriptional regulator, LysR family  23.43 
 
 		 315 aa  80.9  0.00000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  27.18 
 
 		 302 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5744  transcriptional regulator, LysR family  22.91 
 
 		 434 aa  80.5  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0821476  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6604  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 315 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0610737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 299 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1431  transcriptional regulator, LysR family  22.63 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.30963  normal  0.127714 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 318 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  26.8 
 
 		 302 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4446  LysR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.553142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0212  LysR family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 311 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3242  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.783996  normal  0.606563 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1834  transcriptional regulator, LysR family  23.86 
 
 		 312 aa  78.6  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.202618  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4014  LysR family transcriptional regulator  20.73 
 
 		 316 aa  77.8  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.993243 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3454  LysR family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 418 aa  77.8  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.321587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1848  LysR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 314 aa  77.4  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1241  transcriptional regulator, LysR family  26.32 
 
 		 315 aa  77  0.0000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 333 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4781  putative transcriptional regulator  25.58 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5250  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  23.08 
 
 		 312 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.3549  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6877  LysR family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 303 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00333215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  23.36 
 
 		 335 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  28.57 
 
 		 294 aa  76.6  0.0000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3223  LysR family transcriptional regulator  22.54 
 
 		 315 aa  76.6  0.0000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.042632  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  26.8 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0727  transcriptional regulator  25.44 
 
 		 309 aa  76.6  0.0000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.849989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02390  putative transcriptional regulator  23.46 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.125777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2281  LysR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 307 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1982  LysR family transcriptional regulator  21.67 
 
 		 303 aa  75.9  0.0000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 304 aa  75.9  0.0000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4576  transcriptional regulator, LysR family  23.96 
 
 		 327 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0917681  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  23.71 
 
 		 298 aa  75.5  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3863  LysR family transcriptional regulator  22.19 
 
 		 307 aa  75.9  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5134  LysR family transcriptional regulator  22.52 
 
 		 342 aa  75.5  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178908  normal  0.868057 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2020  LysR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 343 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.257834  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4431  LysR family transcriptional regulator  20.68 
 
 		 307 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203311  normal  0.0207668 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2801  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  27.18 
 
 		 294 aa  75.1  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01945  transcriptional regulator CysB  23.97 
 
 		 324 aa  75.1  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00567188  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  22.71 
 
 		 305 aa  75.5  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4285  LysR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 295 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 321 aa  75.1  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4028  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 323 aa  74.3  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4197  LysR family transcriptional regulator  21.93 
 
 		 310 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 301 aa  74.7  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1224  LysR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 311 aa  74.7  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.012159 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.51 
 
 		 302 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>