More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4285 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4285  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3863  LysR family transcriptional regulator  77.78 
 
 		 307 aa  483  1e-135  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2695  LysR family transcriptional regulator  51.21 
 
 		 298 aa  295  7e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.698088  normal  0.563748 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3057  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 295 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001561  transcriptional regulator LysR family  38.49 
 
 		 296 aa  215  7e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4244  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.291884 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0879  transcriptional regulator, LysR-family  38.97 
 
 		 292 aa  211  9e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05499  transcriptional regulator  38.14 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0811  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1817  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2130  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  38.7 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.809904  hitchhiker  0.00950877 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1242  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 293 aa  200  1.9999999999999998e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.120176 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 297 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 297 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 297 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 297 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  29.93 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 295 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 295 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 295 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 295 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 322 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 307 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 313 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 316 aa  139  7e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 300 aa  136  5e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 304 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 312 aa  135  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 307 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 305 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3380  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.53239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 307 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  31.44 
 
 		 306 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 305 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 305 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 305 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 299 aa  129  6e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  30.39 
 
 		 317 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 317 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  30.39 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  30.39 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 313 aa  126  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 298 aa  126  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 298 aa  125  6e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.66 
 
 		 296 aa  125  7e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 296 aa  125  7e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.96 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  29.31 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 297 aa  122  6e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.87 
 
 		 304 aa  122  8e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 298 aa  122  9e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  26.19 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  27.61 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 322 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 300 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 306 aa  119  9e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  26.35 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  26.26 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2126  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 334 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 298 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 310 aa  116  3.9999999999999997e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 298 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 298 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 293 aa  116  6e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  27.18 
 
 		 301 aa  116  6e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 298 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0162  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 302 aa  115  6.9999999999999995e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  27.59 
 
 		 308 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  27.24 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  27.24 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>