More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4014 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_4014  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  642    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.548061  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02855  transcriptional regulator, LysR family protein  61.18 
 
 		 322 aa  385  1e-106  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0727  transcriptional regulator  40.52 
 
 		 309 aa  238  1e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.849989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3696  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 312 aa  204  1e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.51893 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2061  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 306 aa  199  7e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1501  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 311 aa  193  3e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.52 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.11 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.11 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.11 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.11 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.11 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  34.11 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.11 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.11 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.17 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.17 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.17 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.17 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.17 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.5 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.5 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.5 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.17 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 		 320 aa  176  5e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.83 
 
 		 302 aa  176  6e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.83 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.83 
 
 		 302 aa  175  9.999999999999999e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.83 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 		 318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  35.93 
 
 		 300 aa  169  5e-41  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  34.58 
 
 		 311 aa  166  2.9999999999999998e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 311 aa  166  4e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 320 aa  166  5e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5357  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.164156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.77 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  34.13 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  34.56 
 
 		 311 aa  164  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 308 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33 
 
 		 302 aa  162  5.0000000000000005e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.89 
 
 		 307 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  32.69 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  32.67 
 
 		 296 aa  161  2e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  33 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6121  putative transcriptional regulator  33.99 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70560  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  32.07 
 
 		 299 aa  156  4e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 323 aa  156  5.0000000000000005e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4396  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 309 aa  154  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.20014 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  34.1 
 
 		 301 aa  154  1e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3497  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  31.67 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.794623  hitchhiker  0.0000380526 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 323 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4060  hypothetical protein  35.71 
 
 		 311 aa  153  4e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0282036  normal  0.215669 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0001  LysR substrate binding domain protein  34.89 
 
 		 300 aa  152  5e-36  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000100891 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.24 
 
 		 297 aa  152  8.999999999999999e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1919  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  151  1e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.156623  normal  0.456297 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3718  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 308 aa  151  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 		 313 aa  151  2e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.56 
 
 		 302 aa  150  3e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2958  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 324 aa  150  4e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2217  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 324 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.335771  normal  0.670692 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0312  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5558  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  32.16 
 
 		 309 aa  147  3e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 317 aa  147  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 304 aa  144  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  32.21 
 
 		 311 aa  145  1e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5250  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 313 aa  143  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.923555  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0631  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 311 aa  143  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.808562  normal  0.903361 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  31.88 
 
 		 311 aa  143  4e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 317 aa  142  5e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3406  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 336 aa  142  5e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 307 aa  142  6e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 319 aa  142  6e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3535  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 323 aa  142  7e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal  0.425452 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4389  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 301 aa  142  7e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6567  hydrogen peroxide-inducible genes activator protein  31.6 
 
 		 314 aa  142  8e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.222143  hitchhiker  0.00672743 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  30.18 
 
 		 317 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 319 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 319 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 319 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1336  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0531475  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3211  LysR substrate-binding  33.79 
 
 		 323 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.847319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 319 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 319 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 319 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5771  transcriptional regulator LysR family  27.93 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 319 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 320 aa  140  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0054  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 304 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 		 301 aa  139  6e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 311 aa  139  7e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  30.42 
 
 		 319 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>