More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02855 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02855  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 322 aa  659    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4014  LysR family transcriptional regulator  61.18 
 
 		 314 aa  396  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.548061  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0727  transcriptional regulator  41.64 
 
 		 309 aa  243  3.9999999999999997e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.849989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3696  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 312 aa  213  2.9999999999999995e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.51893 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1501  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 311 aa  193  4e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2061  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 306 aa  192  5e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.56 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.56 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.56 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  36.84 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.55 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.48 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  34.48 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.48 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.48 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.48 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.55 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.55 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.55 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.48 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.55 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.48 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.55 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.48 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.11 
 
 		 302 aa  166  4e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.89 
 
 		 302 aa  166  4e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.22 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  34.59 
 
 		 301 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.33 
 
 		 305 aa  162  6e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.66 
 
 		 302 aa  162  7e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 320 aa  161  1e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.89 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 302 aa  161  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  32.77 
 
 		 311 aa  158  1e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 311 aa  158  1e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.1 
 
 		 297 aa  157  3e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  34.01 
 
 		 300 aa  157  3e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 303 aa  156  4e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 318 aa  155  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.09 
 
 		 302 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  31.91 
 
 		 311 aa  153  2.9999999999999998e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 308 aa  153  2.9999999999999998e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5357  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 308 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.164156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  32.09 
 
 		 313 aa  152  5.9999999999999996e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 308 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 308 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 308 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6121  putative transcriptional regulator  31.79 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70560  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  31.54 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.07 
 
 		 307 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  32.8 
 
 		 313 aa  150  3e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 311 aa  149  5e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  31.21 
 
 		 296 aa  149  7e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 320 aa  149  7e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 304 aa  148  9e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2217  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 324 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.335771  normal  0.670692 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  29.72 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.77 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1919  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 314 aa  147  3e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.156623  normal  0.456297 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2958  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 324 aa  146  4.0000000000000006e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4242  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0054  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 304 aa  143  3e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 323 aa  142  5e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 319 aa  142  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0653  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 314 aa  142  7e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.105703  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  31.83 
 
 		 311 aa  142  8e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 323 aa  142  8e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2339  transcriptional regulator, LysR family  35.77 
 
 		 308 aa  142  8e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.111299  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  31.49 
 
 		 311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2322  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 298 aa  141  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 319 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 319 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4060  hypothetical protein  35.46 
 
 		 311 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0282036  normal  0.215669 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1336  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 298 aa  139  3.9999999999999997e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0531475  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3053  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 309 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  30.27 
 
 		 317 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5066  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 321 aa  139  7.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3244  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 306 aa  139  7.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4396  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.20014 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0312  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 323 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4389  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2432  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0631  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 311 aa  136  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.808562  normal  0.903361 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5558  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 309 aa  136  5e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0020  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 330 aa  136  5e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 319 aa  136  5e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 317 aa  135  8e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 318 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5250  transcriptional regulator, LysR family  34.64 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.923555  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3718  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>