More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2061 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2061  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  610  9.999999999999999e-175  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0727  transcriptional regulator  46.21 
 
 		 309 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.849989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3696  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 		 312 aa  254  2.0000000000000002e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.51893 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4014  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 314 aa  199  6e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.548061  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02855  transcriptional regulator, LysR family protein  35.56 
 
 		 322 aa  188  1e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1501  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 311 aa  182  8.000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  37.11 
 
 		 300 aa  169  4e-41  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  35.86 
 
 		 313 aa  166  5.9999999999999996e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4060  hypothetical protein  39.48 
 
 		 311 aa  165  8e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0282036  normal  0.215669 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 312 aa  163  3e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.02 
 
 		 305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.02 
 
 		 305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.02 
 
 		 305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.59 
 
 		 305 aa  162  6e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 305 aa  162  6e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.59 
 
 		 305 aa  162  6e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  34.59 
 
 		 305 aa  162  6e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.59 
 
 		 305 aa  162  6e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.59 
 
 		 305 aa  162  6e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.59 
 
 		 305 aa  162  6e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.59 
 
 		 305 aa  162  6e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.59 
 
 		 305 aa  162  6e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.02 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.02 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.68 
 
 		 302 aa  159  6e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.68 
 
 		 302 aa  159  6e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.9 
 
 		 302 aa  159  6e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.02 
 
 		 305 aa  158  9e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.59 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.59 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.59 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.59 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.59 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.3 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.33 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2217  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 324 aa  156  3e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.335771  normal  0.670692 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0709  transcriptional regulator OxyR, putative  34.25 
 
 		 301 aa  156  4e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4242  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 309 aa  155  6e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  32.76 
 
 		 296 aa  154  1e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  35.14 
 
 		 304 aa  154  1e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0665  putative transcriptional regulator OxyR  33.9 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  35.5 
 
 		 320 aa  154  2e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  32.76 
 
 		 296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 311 aa  153  4e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  33.78 
 
 		 311 aa  153  4e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0653  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 314 aa  152  5e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.105703  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3802  LysR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 309 aa  152  5e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.238076  normal  0.337014 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 320 aa  152  8.999999999999999e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  32.45 
 
 		 309 aa  152  8.999999999999999e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 318 aa  151  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  29.67 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 302 aa  150  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 317 aa  150  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0362  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 300 aa  149  4e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  29.33 
 
 		 311 aa  149  4e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6567  hydrogen peroxide-inducible genes activator protein  35.49 
 
 		 314 aa  149  6e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.222143  hitchhiker  0.00672743 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  32.76 
 
 		 301 aa  149  7e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.27 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  32.78 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 319 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 318 aa  146  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  146  5e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0354  transcriptional regulator OxyR  32.78 
 
 		 317 aa  145  8.000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.241733  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0321  transcriptional regulator OxyR  32.78 
 
 		 325 aa  145  1e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5771  transcriptional regulator LysR family  30.93 
 
 		 307 aa  145  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4389  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0224  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 312 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  28.29 
 
 		 311 aa  144  3e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  30.87 
 
 		 315 aa  143  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4396  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 309 aa  143  5e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.20014 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.17 
 
 		 304 aa  142  6e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  30.87 
 
 		 315 aa  142  7e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3497  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  31.63 
 
 		 301 aa  142  8e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.794623  hitchhiker  0.0000380526 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 320 aa  142  8e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70560  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 310 aa  142  8e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6121  putative transcriptional regulator  29.41 
 
 		 310 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3053  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 309 aa  142  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 313 aa  142  9.999999999999999e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1919  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.156623  normal  0.456297 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 		 323 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 306 aa  140  3.9999999999999997e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5250  transcriptional regulator, LysR family  34.66 
 
 		 313 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.923555  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  27.36 
 
 		 307 aa  139  6e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0631  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 311 aa  139  7e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.808562  normal  0.903361 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 316 aa  138  8.999999999999999e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  29.9 
 
 		 317 aa  138  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4681  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.468795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0054  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  37.19 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2958  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 324 aa  137  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.04 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>