More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2148 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2148  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 317 aa  626  1e-178  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0402296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2771  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 308 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.290913  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5250  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.26 
 
 		 312 aa  186  6e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.3549  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2281  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1472  transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 		 301 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.106661  normal  0.120322 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1431  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.30963  normal  0.127714 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0241  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.96 
 
 		 315 aa  161  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4388  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4677  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 343 aa  156  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0483253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4525  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 300 aa  153  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5754  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.89 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1982  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 303 aa  152  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 303 aa  145  9e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4781  putative transcriptional regulator  34.71 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54710  putative transcriptional regulator  34.48 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0282629  hitchhiker  0.000000212849 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2377  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 294 aa  123  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5761  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 315 aa  123  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0141  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 309 aa  120  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0882865  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4326  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 309 aa  119  7.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24730  LysR family transcriptional regulator protein  32.34 
 
 		 317 aa  117  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08180  Transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 317 aa  117  3.9999999999999997e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3174  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 300 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0234  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.29 
 
 		 298 aa  113  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2959  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2844  LysR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 327 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2634  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5002  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 304 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.415696  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08140  Transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0215  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 314 aa  106  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4014  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 316 aa  106  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.993243 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3429  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 315 aa  105  7e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000037379  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  37.43 
 
 		 296 aa  105  9e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0212  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 311 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1434  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 318 aa  102  9e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0270  putative transcriptional regulator  28.84 
 
 		 305 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02390  putative transcriptional regulator  28.09 
 
 		 305 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.125777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2069  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 326 aa  100  5e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.18458  hitchhiker  0.00114846 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.39 
 
 		 302 aa  99  8e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  32.39 
 
 		 302 aa  99.4  8e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.39 
 
 		 302 aa  99  8e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.39 
 
 		 302 aa  99  8e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.39 
 
 		 302 aa  99  8e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.39 
 
 		 302 aa  99  8e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  32.39 
 
 		 302 aa  99  8e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1834  transcriptional regulator, LysR family  27.99 
 
 		 312 aa  99  9e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.202618  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.39 
 
 		 302 aa  99  9e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5902  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 307 aa  97.8  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.202203  normal  0.230241 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 316 aa  97.4  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.82 
 
 		 302 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8309  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 318 aa  96.7  5e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.16 
 
 		 298 aa  96.3  7e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 419 aa  95.9  7e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01379  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.41 
 
 		 307 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2224  transcriptional regulator, LysR family  31.41 
 
 		 307 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.1844  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01391  hypothetical protein  31.41 
 
 		 307 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1601  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 307 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1450  transcriptional regulator, LysR family  32.96 
 
 		 305 aa  94.4  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.756367  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2237  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 339 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956085 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.46 
 
 		 298 aa  94.7  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1504  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 307 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4446  LysR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 306 aa  94.7  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.553142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1752  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 307 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.53029e-17 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3287  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 316 aa  94  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1647  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 		 307 aa  93.6  4e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.997012  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4505  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 308 aa  93.6  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.061822 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4431  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 307 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203311  normal  0.0207668 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7575  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 417 aa  92.8  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2027  transcriptional regulator, LysR family  31.41 
 
 		 307 aa  92.4  8e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.294769  hitchhiker  0.0000000175537 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2622  transcriptional regulator, LysR family  26.26 
 
 		 308 aa  92.4  8e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.342108  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0216  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 301 aa  92.4  9e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2915  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 335 aa  92.4  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0114903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1408  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 		 312 aa  92  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0263821  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3185  LysR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 295 aa  91.7  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.377934  normal  0.982451 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2711  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 306 aa  92  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5744  transcriptional regulator, LysR family  30.08 
 
 		 434 aa  91.3  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0821476  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1765  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 315 aa  91.7  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.111845 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1848  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 314 aa  90.9  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3176  transcriptional regulator, LysR family  32.02 
 
 		 334 aa  90.5  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.356855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2585  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 306 aa  90.5  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6604  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 315 aa  90.9  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0610737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1964  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 307 aa  90.9  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27230  transcriptional regulator  29.57 
 
 		 294 aa  90.9  3e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1440  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.85 
 
 		 319 aa  90.1  4e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 296 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 320 aa  90.1  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 309 aa  90.1  4e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0727  transcriptional regulator  32.8 
 
 		 309 aa  90.1  5e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.849989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 300 aa  89.4  7e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 316 aa  89.4  7e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 296 aa  89.4  7e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 296 aa  89.4  7e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1381  transcriptional regulator, LysR family  31.84 
 
 		 314 aa  89  9e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.31695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 323 aa  89  9e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1317  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 314 aa  88.6  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.754776  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1532  LysR substrate binding domain protein  28.47 
 
 		 307 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 294 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  28.46 
 
 		 331 aa  89  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1739  LysR substrate binding domain protein  28.47 
 
 		 307 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1803  LysR substrate binding domain-containing protein  28.47 
 
 		 307 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>