More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1450 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1450  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 305 aa  615  1e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.756367  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1408  transcriptional regulator, LysR family  99.67 
 
 		 312 aa  613  1e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0263821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4505  LysR family transcriptional regulator  87.87 
 
 		 308 aa  517  1e-146  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.061822 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3287  LysR family transcriptional regulator  83.39 
 
 		 316 aa  491  9.999999999999999e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0222  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 307 aa  229  3e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5417  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 302 aa  192  4e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.826157  normal  0.396347 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6604  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 315 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0610737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2711  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2585  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 306 aa  152  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5811  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638559  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7451  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 302 aa  149  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2998  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 312 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.412337 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2110  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 299 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.136267  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1495  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 299 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0603097  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0793  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 299 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1807  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 299 aa  146  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3086  MarR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 312 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0475  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 299 aa  146  5e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0377  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 299 aa  146  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3051  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 312 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.683935  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2701  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 312 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2910  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 309 aa  144  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3700  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 332 aa  143  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0546971  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.78 
 
 		 298 aa  142  5e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.74 
 
 		 302 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.74 
 
 		 302 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.74 
 
 		 302 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.54 
 
 		 302 aa  139  4.999999999999999e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  30.74 
 
 		 302 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.74 
 
 		 302 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.74 
 
 		 302 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2168  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 310 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 302 aa  138  8.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4171  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 305 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.632041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5936  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.41 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4432  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4822  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 329 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3970  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.18 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3344  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 329 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0604334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3348  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 306 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0103811 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0229  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 306 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.983112 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1299  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1765  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.111845 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5236  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 311 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.61001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1244  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1940  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0218  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3822  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.563678  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0957  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2219  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4546  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.471439  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5758  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0665563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1826  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 316 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0150451  hitchhiker  0.00784297 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0296  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0206  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1663  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 338 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4103  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5307  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0037216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4764  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0947  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 305 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.401348 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6318  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 320 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.988548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4846  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 306 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5439  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 306 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5423  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 306 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0829573  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2599  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 319 aa  129  6e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888741  normal  0.833483 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1518  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6018  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.79 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5141  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 317 aa  127  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.730925 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2956  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 316 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.2285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5895  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 304 aa  125  6e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0445545 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6670  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 311 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.128722  normal  0.169753 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7090  transcriptional regulator, LysR family  30.89 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1301  transcriptional regulator, LysR family  32.26 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.828365  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3819  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.166193  normal  0.37605 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0207  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 306 aa  124  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5515  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 304 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5159  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 318 aa  123  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.169813 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3599  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 304 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.601039  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4768  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 304 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.533402 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4197  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4446  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 306 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.553142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3205  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0988994 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5134  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 342 aa  116  3.9999999999999997e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178908  normal  0.868057 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  29.61 
 
 		 331 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3555  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  35.2 
 
 		 289 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0795  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 316 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.556779 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1848  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0146  transcriptional regulator, LysR family  30.65 
 
 		 296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  34.69 
 
 		 289 aa  110  3e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6961  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 316 aa  105  7e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  27.36 
 
 		 325 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5915  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 303 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26270  putative transcriptional regulator  35.89 
 
 		 329 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.338283  normal  0.903696 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0068  transcriptional regulator, LysR family  27.74 
 
 		 318 aa  103  5e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 316 aa  102  7e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>