More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1434 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1434  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 318 aa  651    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1834  transcriptional regulator, LysR family  95.19 
 
 		 312 aa  611  9.999999999999999e-175  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.202618  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2622  transcriptional regulator, LysR family  74.1 
 
 		 308 aa  479  1e-134  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.342108  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1355  transcriptional regulator, LysR family  73.68 
 
 		 307 aa  473  1e-132  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24730  LysR family transcriptional regulator protein  45.18 
 
 		 317 aa  244  1.9999999999999999e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08180  Transcriptional regulator, LysR family  45.18 
 
 		 317 aa  243  3e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0215  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 314 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5002  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 304 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.415696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0234  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 304 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2634  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 315 aa  227  2e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0141  transcriptional regulator, LysR family  39.55 
 
 		 309 aa  223  3e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0882865  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4326  transcriptional regulator, LysR family  39.47 
 
 		 309 aa  221  9.999999999999999e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0212  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 311 aa  212  7e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02390  putative transcriptional regulator  37.79 
 
 		 305 aa  209  7e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.125777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0270  putative transcriptional regulator  37.12 
 
 		 305 aa  205  7e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4431  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203311  normal  0.0207668 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08140  Transcriptional regulator, LysR family  35.95 
 
 		 320 aa  189  7e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 303 aa  186  6e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54710  putative transcriptional regulator  37.25 
 
 		 304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0282629  hitchhiker  0.000000212849 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4781  putative transcriptional regulator  36.79 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4677  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 343 aa  129  7.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0483253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1982  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 303 aa  129  9.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2281  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2771  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.290913  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5754  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.12 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0241  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.43 
 
 		 315 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2377  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 294 aa  112  6e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3429  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 315 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000037379  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4525  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4014  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 316 aa  110  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.993243 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 313 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 316 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2959  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 306 aa  107  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 307 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 307 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 307 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 306 aa  106  5e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 297 aa  106  5e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1472  transcriptional regulator, LysR family  30.42 
 
 		 301 aa  106  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.106661  normal  0.120322 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4388  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 308 aa  105  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 298 aa  106  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  27.67 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 322 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1431  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 301 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.30963  normal  0.127714 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  27.81 
 
 		 305 aa  102  7e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.1 
 
 		 304 aa  102  7e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2148  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 317 aa  102  9e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0402296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5250  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.18 
 
 		 312 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.3549  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 307 aa  102  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 306 aa  102  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.3 
 
 		 302 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5761  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 315 aa  101  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  27.3 
 
 		 305 aa  100  4e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0811  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 296 aa  100  5e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 294 aa  99.8  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 299 aa  99.4  7e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  22.93 
 
 		 299 aa  99  8e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 298 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 298 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2130  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  27.33 
 
 		 296 aa  97.8  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.809904  hitchhiker  0.00950877 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 305 aa  98.2  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 298 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  22.93 
 
 		 299 aa  97.1  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 297 aa  97.1  3e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 301 aa  97.4  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 313 aa  96.7  5e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 293 aa  95.9  8e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  26.53 
 
 		 302 aa  94  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 305 aa  94  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 312 aa  93.2  5e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 298 aa  92.8  6e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1242  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 293 aa  92.4  8e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.120176 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  27.4 
 
 		 298 aa  92.4  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3174  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 300 aa  91.3  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1380  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 309 aa  90.9  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.306362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  26.73 
 
 		 300 aa  91.3  2e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 329 aa  91.3  2e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.46 
 
 		 315 aa  91.7  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 292 aa  91.7  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3634  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 304 aa  91.3  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.246418 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  22.66 
 
 		 294 aa  91.7  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  28.84 
 
 		 293 aa  90.9  3e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4542  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 296 aa  90.1  4e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 296 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1695  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 299 aa  90.5  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  22.09 
 
 		 294 aa  89.7  6e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  28.41 
 
 		 336 aa  89  9e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 300 aa  89  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  27.69 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2243  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 289 aa  89  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  30.7 
 
 		 299 aa  88.6  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>