More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3634 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3634  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  626  1e-178  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.246418 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0848  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 302 aa  282  4.0000000000000003e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0228944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3837  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.16 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0212  transcriptional activator LysR  30.64 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3251  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.8 
 
 		 313 aa  152  5e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000182985 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0970  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.8 
 
 		 313 aa  152  5e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3285  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.74 
 
 		 307 aa  152  8e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2704  Transcriptional regulator  32.09 
 
 		 304 aa  152  8.999999999999999e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0199  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.493239 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1023  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.8 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.08 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.08 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  32.08 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3487  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.07 
 
 		 307 aa  150  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.711753  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.08 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.28 
 
 		 311 aa  148  9e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.28 
 
 		 311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.93 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4109  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.58 
 
 		 311 aa  145  6e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000450007 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000034  transcriptional regulator LysR family protein  29.76 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000511263  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0732  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.39 
 
 		 309 aa  142  5e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8309  transcriptional regulator LysR family  30.6 
 
 		 300 aa  142  7e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3626  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30 
 
 		 306 aa  142  8e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1838  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 318 aa  142  9e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.69135 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.33 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.99 
 
 		 309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3346  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.63 
 
 		 311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0358858 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.63 
 
 		 311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000462598 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3164  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.63 
 
 		 311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3230  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.63 
 
 		 311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000332914 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4167  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3182  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.28 
 
 		 311 aa  139  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4421  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 304 aa  139  8.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.655491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4369  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.536466  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4343  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 301 aa  136  5e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5703  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.351778 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7048  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 320 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1142  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.315341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2701  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 317 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4381  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1898  transcriptional regulator, LysR family  27.11 
 
 		 322 aa  126  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113483  normal  0.573852 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2435  LysR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 306 aa  125  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.736044 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.02 
 
 		 301 aa  125  8.000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2001  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 308 aa  125  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6967  transcriptional regulator, LysR family  27.59 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  24.65 
 
 		 304 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  24.64 
 
 		 315 aa  123  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  24.65 
 
 		 304 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 304 aa  122  9e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4882  DNA-binding transcriptional regulator LysR  23.94 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5404  DNA-binding transcriptional regulator LysR  23.94 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7396  Transcriptional regulator  28.21 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.709918  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3484  DNA-binding transcriptional regulator LysR  23.94 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.657517  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 297 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  23.94 
 
 		 304 aa  119  7e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4460  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0031991 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8322  transcriptional regulator LysR family  28.9 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.489992  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0571  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2094  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 329 aa  117  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4411  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 303 aa  117  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.753366  normal  0.429795 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1589  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.71 
 
 		 311 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963842  normal  0.282156 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4408  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 344 aa  116  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.830984  normal  0.0872893 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0354  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 310 aa  116  5e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2078  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.35 
 
 		 301 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3662  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.35 
 
 		 301 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 304 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0007  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 325 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.378538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3464  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 309 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.26806  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3109  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.1017  normal  0.129161 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3860  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6343  transcriptional regulator, LysR family  27.43 
 
 		 300 aa  113  5e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2069  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 309 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.156662 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3779  LysR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 310 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152286 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2197  LysR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 312 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.567497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4348  LysR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 308 aa  109  5e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.286195 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6146  LysR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.69148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1644  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.75 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2546  LysR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.715041  normal  0.706169 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3435  transcriptional regulator, LysR family  29.5 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0148  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0716986  decreased coverage  0.0000000188935 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1384  LysR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 309 aa  107  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.684256  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000677  LysR-family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 293 aa  103  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.708378  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8014  transcriptional regulator, LysR family  26.86 
 
 		 300 aa  103  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5454  transcriptional regulator, LysR family  26.91 
 
 		 305 aa  102  7e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.803003  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2342  LysR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 312 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6544  transcriptional regulator, LysR family  26.41 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0395202 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4932  transcriptional regulator, LysR family  29.75 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0014  transcriptional regulator, LysR family  28.88 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4387  LysR family transcriptional regulator  24 
 
 		 292 aa  100  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.814713 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1544  transcriptional regulator, LysR family  32.95 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4432  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 323 aa  100  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>