More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5454 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5454  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 305 aa  609  1e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.803003  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0007  LysR family transcriptional regulator  52 
 
 		 325 aa  297  2e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.378538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7048  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 320 aa  238  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1898  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 322 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113483  normal  0.573852 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2701  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 317 aa  233  3e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4411  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 303 aa  226  3e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.753366  normal  0.429795 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 304 aa  218  1e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4387  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.814713 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 301 aa  178  8e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 304 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  35.4 
 
 		 304 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 304 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 304 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.71 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  35.05 
 
 		 304 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  36.59 
 
 		 311 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  36.24 
 
 		 311 aa  172  6.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4109  DNA-binding transcriptional regulator LysR  36.24 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000450007 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  36.49 
 
 		 311 aa  170  2e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  36.49 
 
 		 311 aa  170  2e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  36.49 
 
 		 311 aa  170  2e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  36.49 
 
 		 311 aa  170  2e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  36.14 
 
 		 311 aa  170  3e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.02 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  36.24 
 
 		 311 aa  169  5e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6343  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 300 aa  169  7e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6146  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 302 aa  168  9e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.69148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3285  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.02 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.44 
 
 		 309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4348  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 308 aa  165  6.9999999999999995e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.286195 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5404  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.25 
 
 		 304 aa  165  9e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4882  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.25 
 
 		 304 aa  165  9e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3484  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.25 
 
 		 304 aa  165  9e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.657517  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 301 aa  162  8.000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0199  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 297 aa  162  9e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.493239 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0212  transcriptional activator LysR  33 
 
 		 311 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4343  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3230  DNA-binding transcriptional regulator LysR  35.42 
 
 		 311 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000332914 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  35.42 
 
 		 311 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000462598 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3164  DNA-binding transcriptional regulator LysR  35.42 
 
 		 311 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3346  DNA-binding transcriptional regulator LysR  35.42 
 
 		 311 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0358858 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0970  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.33 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3182  DNA-binding transcriptional regulator LysR  35.07 
 
 		 311 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3251  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.33 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000182985 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1023  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.33 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3837  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.8 
 
 		 307 aa  159  5e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2078  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.79 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3662  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.79 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1644  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35 
 
 		 302 aa  157  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2001  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 308 aa  157  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1589  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.45 
 
 		 311 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963842  normal  0.282156 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 300 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.08 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3487  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.79 
 
 		 307 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.711753  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3435  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 296 aa  152  8e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6544  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0395202 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4381  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 303 aa  148  9e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3626  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.27 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4460  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0031991 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4369  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 304 aa  145  6e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.536466  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2704  Transcriptional regulator  33.44 
 
 		 304 aa  145  9e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0732  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.71 
 
 		 309 aa  144  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0050  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1838  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 318 aa  142  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.69135 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.94 
 
 		 306 aa  142  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1384  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.684256  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2435  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 306 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.736044 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3779  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 310 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152286 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1819  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 309 aa  131  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.321718  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5703  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 295 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.351778 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4453  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 307 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.822863  hitchhiker  0.0000436239 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4432  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 323 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4408  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 344 aa  126  5e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.830984  normal  0.0872893 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7396  Transcriptional regulator  27.45 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.709918  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0354  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 310 aa  124  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1142  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 302 aa  122  8e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.315341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8309  transcriptional regulator LysR family  30.31 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4236  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5518  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.192387  normal  0.294784 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8014  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0394  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 286 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.780233  normal  0.51441 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4167  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4421  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.655491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4993  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 303 aa  115  6.9999999999999995e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0133249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0848  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 302 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0228944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2111  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 298 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6967  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6637  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 301 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.252067 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3860  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0668  transcriptional regulator, LysR family  33.61 
 
 		 332 aa  113  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0273303  normal  0.212728 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 296 aa  112  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 296 aa  109  6e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 296 aa  109  6e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2094  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 329 aa  109  7.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3846  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4445  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.400594 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5821  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430138  normal  0.815813 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4932  transcriptional regulator, LysR family  29.03 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>