More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3846 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3846  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 343 aa  687    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0668  transcriptional regulator, LysR family  48.14 
 
 		 332 aa  300  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0273303  normal  0.212728 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2536  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.03 
 
 		 329 aa  278  8e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.941748  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2808  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 316 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.464629  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1880  transcription regulator protein  44.79 
 
 		 324 aa  248  1e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.38113  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1758  transcriptional regulator, LysR family  43.85 
 
 		 324 aa  247  3e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.068602  normal  0.477555 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0094  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 326 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.22128 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2081  transcriptional regulator, LysR family  42.9 
 
 		 324 aa  239  4e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1450  LysR family transcriptional regulator  42.77 
 
 		 349 aa  236  3e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.308203  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5103  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 403 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.223049 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2536  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 		 357 aa  231  1e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5316  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 337 aa  227  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1795  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 321 aa  218  8.999999999999998e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130136  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3582  LysR family transcriptional regulator  43.38 
 
 		 356 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.938584  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3938  LysR family transcriptional regulator  43.38 
 
 		 337 aa  215  8e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090076  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2704  Transcriptional regulator  27.46 
 
 		 304 aa  127  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0007  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 325 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.378538  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0199  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 297 aa  119  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.493239 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 297 aa  116  6e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8309  transcriptional regulator LysR family  30.28 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4411  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 303 aa  113  4.0000000000000004e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.753366  normal  0.429795 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2435  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 306 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.736044 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1589  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.04 
 
 		 311 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963842  normal  0.282156 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2620  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0513234  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.41 
 
 		 309 aa  108  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5454  transcriptional regulator, LysR family  27.65 
 
 		 305 aa  108  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.803003  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4387  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 292 aa  108  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.814713 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2078  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.78 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0050  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 310 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3662  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.78 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2001  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1384  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 309 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.684256  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.5 
 
 		 311 aa  105  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.5 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  25.61 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.5 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 304 aa  105  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 301 aa  104  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.61 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  25.61 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.61 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3837  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.24 
 
 		 307 aa  103  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 296 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  25.26 
 
 		 311 aa  103  4e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4109  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.17 
 
 		 311 aa  103  4e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000450007 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3182  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.65 
 
 		 311 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1142  LysR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 302 aa  103  5e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.315341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 313 aa  103  6e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3251  DNA-binding transcriptional regulator LysR  24.73 
 
 		 313 aa  101  1e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000182985 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0970  DNA-binding transcriptional regulator LysR  24.73 
 
 		 313 aa  101  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 296 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1023  DNA-binding transcriptional regulator LysR  24.73 
 
 		 313 aa  102  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 296 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4381  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 303 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.33 
 
 		 311 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000462598 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3346  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.33 
 
 		 311 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0358858 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8322  transcriptional regulator LysR family  27.74 
 
 		 296 aa  101  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.489992  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3164  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.33 
 
 		 311 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3230  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.33 
 
 		 311 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000332914 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0212  transcriptional activator LysR  25.62 
 
 		 311 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2094  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 329 aa  99.8  5e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4453  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 307 aa  99.8  6e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.822863  hitchhiker  0.0000436239 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3285  DNA-binding transcriptional regulator LysR  22.86 
 
 		 307 aa  99.8  6e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67170  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 318 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.161893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5291  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 303 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5825  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 305 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6544  transcriptional regulator, LysR family  25.26 
 
 		 305 aa  99.4  8e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0395202 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1819  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 309 aa  99.4  8e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.321718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4972  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 306 aa  99  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.884957  normal  0.156049 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.81 
 
 		 315 aa  98.6  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4421  LysR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.655491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 296 aa  98.2  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 305 aa  98.2  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6292  transcriptional regulator, LysR family  27.71 
 
 		 303 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 304 aa  97.1  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3487  DNA-binding transcriptional regulator LysR  24.37 
 
 		 307 aa  96.7  6e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.711753  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7048  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 320 aa  96.7  6e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6343  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 300 aa  96.3  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0571  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 298 aa  95.9  8e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2111  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 298 aa  95.5  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 304 aa  95.1  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1838  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 318 aa  94.7  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.69135 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0732  DNA-binding transcriptional regulator LysR  24.15 
 
 		 309 aa  94.7  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 304 aa  94.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.36 
 
 		 304 aa  94  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  24.01 
 
 		 306 aa  94.4  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 304 aa  94.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.36 
 
 		 304 aa  94  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0848  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 302 aa  93.6  4e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0228944  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  27.92 
 
 		 300 aa  93.2  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.36 
 
 		 304 aa  93.6  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2701  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 317 aa  93.2  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1644  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.2 
 
 		 302 aa  92.8  7e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3779  LysR family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 310 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152286 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5703  transcriptional regulator, LysR family  25.35 
 
 		 295 aa  92.4  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.351778 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2788  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 292 aa  92.4  9e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4432  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 323 aa  91.7  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 298 aa  90.9  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 298 aa  90.9  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>