More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2808 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2808  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 316 aa  637    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.464629  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2536  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  94.3 
 
 		 329 aa  600  1e-170  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.941748  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1880  transcription regulator protein  52.85 
 
 		 324 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.38113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2081  transcriptional regulator, LysR family  51.58 
 
 		 324 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1758  transcriptional regulator, LysR family  51.27 
 
 		 324 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.068602  normal  0.477555 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0668  transcriptional regulator, LysR family  48.09 
 
 		 332 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0273303  normal  0.212728 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1450  LysR family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 349 aa  300  2e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.308203  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2536  LysR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 357 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5103  LysR family transcriptional regulator  48.23 
 
 		 403 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.223049 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0094  LysR family transcriptional regulator  49.35 
 
 		 326 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.22128 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5316  LysR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 337 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3582  LysR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 356 aa  276  4e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.938584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3846  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 343 aa  274  1.0000000000000001e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3938  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 337 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090076  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1795  transcriptional regulator, LysR family  39.74 
 
 		 321 aa  241  1e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130136  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 296 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0199  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.493239 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 304 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8309  transcriptional regulator LysR family  30.69 
 
 		 300 aa  135  9e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7048  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 320 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.19 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4411  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.753366  normal  0.429795 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 304 aa  132  6e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1589  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.82 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963842  normal  0.282156 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0354  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6292  transcriptional regulator, LysR family  29.82 
 
 		 303 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2704  Transcriptional regulator  27.97 
 
 		 304 aa  129  7.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2701  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 317 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992427  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2078  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.42 
 
 		 301 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3662  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.42 
 
 		 301 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0050  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.19 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.86 
 
 		 304 aa  125  7e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1407  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 344 aa  125  7e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0833584 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.33 
 
 		 304 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5404  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4882  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3484  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.657517  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.52 
 
 		 315 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1898  transcriptional regulator, LysR family  28.76 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113483  normal  0.573852 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2001  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0571  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3487  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.69 
 
 		 307 aa  124  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.711753  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0212  transcriptional activator LysR  29.72 
 
 		 311 aa  123  4e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1838  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 318 aa  123  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.69135 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3626  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.33 
 
 		 306 aa  122  7e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.43 
 
 		 306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3837  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.14 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1384  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 309 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.684256  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5518  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.192387  normal  0.294784 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1819  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 309 aa  118  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.321718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.71 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0732  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.85 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4421  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 304 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.655491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1644  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.27 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8322  transcriptional regulator LysR family  29.45 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.489992  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1023  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.89 
 
 		 313 aa  117  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3251  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.89 
 
 		 313 aa  116  3.9999999999999997e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000182985 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0970  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.89 
 
 		 313 aa  116  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3285  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.11 
 
 		 307 aa  117  3.9999999999999997e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4381  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 303 aa  116  6e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8014  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 300 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3779  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 310 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152286 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4453  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 307 aa  115  7.999999999999999e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.822863  hitchhiker  0.0000436239 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2111  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.39 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  27.71 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4109  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.07 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000450007 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  27.39 
 
 		 311 aa  114  3e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.39 
 
 		 311 aa  114  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.39 
 
 		 311 aa  114  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  27.39 
 
 		 311 aa  114  3e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.39 
 
 		 311 aa  114  3e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3860  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 306 aa  112  9e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2094  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 329 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2590  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 338 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614241  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5291  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 303 aa  110  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2847  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 317 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.310868  normal  0.325567 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67170  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 318 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.161893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5825  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4387  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 292 aa  109  7.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.814713 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1142  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.315341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2877  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 314 aa  108  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0715401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4369  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.536466  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3346  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.47 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0358858 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3230  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.47 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000332914 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.47 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000462598 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3164  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.47 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4236  transcriptional regulator, LysR family  29.54 
 
 		 306 aa  108  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2699  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 296 aa  107  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.133782  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>