More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2704 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2704  Transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  622  1e-177  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0199  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 297 aa  226  4e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.493239 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 301 aa  225  7e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 304 aa  222  7e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 304 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 304 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 304 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1838  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 318 aa  212  4.9999999999999996e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.69135 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4369  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 304 aa  207  2e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.536466  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4348  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 308 aa  202  4e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.286195 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 296 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 296 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 296 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4460  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 308 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0031991 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4381  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 303 aa  186  6e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5703  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.351778 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8309  transcriptional regulator LysR family  38.08 
 
 		 300 aa  183  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3837  DNA-binding transcriptional regulator LysR  37.59 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1384  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.684256  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4343  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.9 
 
 		 311 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.9 
 
 		 311 aa  182  6e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.9 
 
 		 311 aa  182  6e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.9 
 
 		 311 aa  182  6e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  34.9 
 
 		 311 aa  182  6e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0212  transcriptional activator LysR  35.62 
 
 		 311 aa  182  7e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 311 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.56 
 
 		 311 aa  182  8.000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.9 
 
 		 311 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1023  DNA-binding transcriptional regulator LysR  35.35 
 
 		 313 aa  181  9.000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.55 
 
 		 309 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0970  DNA-binding transcriptional regulator LysR  35.35 
 
 		 313 aa  181  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3251  DNA-binding transcriptional regulator LysR  35.35 
 
 		 313 aa  181  1e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000182985 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.35 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4109  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.56 
 
 		 311 aa  181  2e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000450007 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1644  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.96 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000034  transcriptional regulator LysR family protein  35.33 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000511263  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3487  DNA-binding transcriptional regulator LysR  36.24 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.711753  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4411  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 303 aa  179  7e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.753366  normal  0.429795 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1898  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 322 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113483  normal  0.573852 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.98 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3285  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.45 
 
 		 307 aa  177  3e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7048  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 320 aa  176  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3626  DNA-binding transcriptional regulator LysR  36.68 
 
 		 306 aa  177  3e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0732  DNA-binding transcriptional regulator LysR  35.94 
 
 		 309 aa  176  4e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2701  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 317 aa  176  6e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7396  Transcriptional regulator  33.56 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.709918  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0354  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2078  DNA-binding transcriptional regulator LysR  36.18 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3662  DNA-binding transcriptional regulator LysR  36.18 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4432  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 323 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1589  DNA-binding transcriptional regulator LysR  35.71 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963842  normal  0.282156 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0848  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0228944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2001  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 308 aa  169  5e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3182  DNA-binding transcriptional regulator LysR  36.71 
 
 		 311 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3346  DNA-binding transcriptional regulator LysR  36.71 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0358858 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3230  DNA-binding transcriptional regulator LysR  36.71 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000332914 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  36.71 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000462598 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3164  DNA-binding transcriptional regulator LysR  36.71 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1142  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 302 aa  166  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.315341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1407  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 344 aa  165  8e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0833584 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4421  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.655491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3435  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 296 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4167  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 300 aa  162  9e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2435  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 306 aa  162  9e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.736044 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4387  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.814713 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.41 
 
 		 315 aa  159  4e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.87 
 
 		 304 aa  159  6e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4972  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.884957  normal  0.156049 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2620  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0513234  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.53 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.75 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3779  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 310 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152286 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0571  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 298 aa  155  6e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1819  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 309 aa  155  7e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.321718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0007  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 325 aa  155  8e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.378538  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4882  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.18 
 
 		 304 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3484  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.18 
 
 		 304 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.657517  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5404  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.18 
 
 		 304 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5518  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 300 aa  152  8e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.192387  normal  0.294784 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3634  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 304 aa  152  8.999999999999999e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.246418 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4408  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 344 aa  149  5e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.830984  normal  0.0872893 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6146  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 302 aa  149  7e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.69148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6544  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 305 aa  148  9e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0395202 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6343  transcriptional regulator, LysR family  33.82 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8014  transcriptional regulator, LysR family  31.77 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0094  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 326 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.22128 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 313 aa  145  9e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5454  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 305 aa  145  9e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.803003  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0394  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 286 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.780233  normal  0.51441 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0014  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 298 aa  142  7e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.12063  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5103  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 403 aa  142  8e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.223049 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0668  transcriptional regulator, LysR family  31.47 
 
 		 332 aa  142  9e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0273303  normal  0.212728 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2536  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 357 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0014  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>