More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3487 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3487  DNA-binding transcriptional regulator LysR  100 
 
 		 307 aa  621  1e-177  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.711753  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3626  DNA-binding transcriptional regulator LysR  94.1 
 
 		 306 aa  585  1e-166  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  79.67 
 
 		 306 aa  504  9.999999999999999e-143  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0732  DNA-binding transcriptional regulator LysR  80.98 
 
 		 309 aa  501  1e-141  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3837  DNA-binding transcriptional regulator LysR  77.7 
 
 		 307 aa  488  1e-137  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1023  DNA-binding transcriptional regulator LysR  74.43 
 
 		 313 aa  472  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0970  DNA-binding transcriptional regulator LysR  74.43 
 
 		 313 aa  471  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3251  DNA-binding transcriptional regulator LysR  74.43 
 
 		 313 aa  471  1e-132  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000182985 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  73.15 
 
 		 311 aa  451  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  73.49 
 
 		 311 aa  448  1e-125  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  73.49 
 
 		 311 aa  448  1e-125  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  73.15 
 
 		 311 aa  447  1e-125  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  73.49 
 
 		 311 aa  448  1e-125  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  73.15 
 
 		 311 aa  449  1e-125  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3285  DNA-binding transcriptional regulator LysR  70.59 
 
 		 307 aa  448  1e-125  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  73.49 
 
 		 311 aa  448  1e-125  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  73.49 
 
 		 311 aa  448  1e-125  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4109  DNA-binding transcriptional regulator LysR  72.82 
 
 		 311 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000450007 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3346  DNA-binding transcriptional regulator LysR  73.44 
 
 		 311 aa  440  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0358858 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  73.44 
 
 		 311 aa  440  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000462598 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3164  DNA-binding transcriptional regulator LysR  73.44 
 
 		 311 aa  440  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3230  DNA-binding transcriptional regulator LysR  73.44 
 
 		 311 aa  440  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000332914 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3182  DNA-binding transcriptional regulator LysR  72.79 
 
 		 311 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0212  transcriptional activator LysR  63.88 
 
 		 311 aa  401  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51.86 
 
 		 309 aa  309  4e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  50 
 
 		 304 aa  299  4e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1589  DNA-binding transcriptional regulator LysR  52.01 
 
 		 311 aa  299  5e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963842  normal  0.282156 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2078  DNA-binding transcriptional regulator LysR  53.47 
 
 		 301 aa  298  6e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3662  DNA-binding transcriptional regulator LysR  53.47 
 
 		 301 aa  298  6e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  50.85 
 
 		 304 aa  296  3e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5404  DNA-binding transcriptional regulator LysR  49.33 
 
 		 304 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4882  DNA-binding transcriptional regulator LysR  49.33 
 
 		 304 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3484  DNA-binding transcriptional regulator LysR  49.33 
 
 		 304 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.657517  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  50.51 
 
 		 304 aa  293  2e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  48.5 
 
 		 315 aa  293  2e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2001  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 		 308 aa  286  2e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1819  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 309 aa  269  5e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.321718  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3779  LysR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 310 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152286 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1644  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.54 
 
 		 302 aa  245  9e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4411  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 303 aa  207  3e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.753366  normal  0.429795 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1838  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 318 aa  205  7e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.69135 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 301 aa  205  8e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1898  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 322 aa  204  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113483  normal  0.573852 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2701  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 317 aa  203  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7048  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 320 aa  202  5e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4387  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 292 aa  199  7e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.814713 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 304 aa  193  3e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6544  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0395202 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4369  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.536466  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2704  Transcriptional regulator  36.24 
 
 		 304 aa  179  4e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4381  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 303 aa  177  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0050  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 310 aa  176  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0199  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.493239 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4236  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 296 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4432  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 323 aa  171  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 297 aa  171  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6967  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 304 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0848  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0228944  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4460  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0031991 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 300 aa  159  5e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6146  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 302 aa  159  7e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.69148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4348  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.286195 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3435  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1384  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.684256  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0007  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 325 aa  157  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.378538  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8014  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 300 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5454  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.803003  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6343  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 300 aa  153  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5518  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.192387  normal  0.294784 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2435  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 306 aa  151  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.736044 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3634  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.246418 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8322  transcriptional regulator LysR family  32.54 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.489992  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4408  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 344 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.830984  normal  0.0872893 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.27 
 
 		 301 aa  149  5e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4343  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 301 aa  149  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000034  transcriptional regulator LysR family protein  28.67 
 
 		 304 aa  146  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000511263  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4167  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7396  Transcriptional regulator  30.82 
 
 		 297 aa  139  7e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.709918  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5703  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.351778 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2620  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0513234  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0354  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 310 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4993  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 303 aa  136  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0133249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4421  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 304 aa  133  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.655491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2536  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.77 
 
 		 329 aa  132  9e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.941748  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1142  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.315341  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0014  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4445  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.400594 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0067  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 301 aa  130  4.0000000000000003e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2590  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 338 aa  129  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614241  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0699  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 317 aa  129  6e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0791561  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>