More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0848 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0848  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  610  1e-173  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0228944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3634  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 304 aa  282  4.0000000000000003e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.246418 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  35 
 
 		 311 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  35 
 
 		 311 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  35 
 
 		 311 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  35 
 
 		 311 aa  179  4.999999999999999e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  35 
 
 		 311 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  35 
 
 		 311 aa  179  7e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4109  DNA-binding transcriptional regulator LysR  35 
 
 		 311 aa  178  9e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000450007 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 311 aa  178  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  35 
 
 		 311 aa  178  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3285  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.9 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2704  Transcriptional regulator  32.99 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3837  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.83 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0212  transcriptional activator LysR  32.89 
 
 		 311 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 296 aa  165  8e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3251  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.88 
 
 		 313 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000182985 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0970  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.88 
 
 		 313 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1023  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.88 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3487  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.73 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.711753  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3626  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.1 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1142  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 302 aa  156  4e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.315341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3230  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.7 
 
 		 311 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000332914 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3164  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.7 
 
 		 311 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.7 
 
 		 311 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000462598 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1838  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 318 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.69135 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3346  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.7 
 
 		 311 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0358858 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0199  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.493239 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3182  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.33 
 
 		 311 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0148  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0716986  decreased coverage  0.0000000188935 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.86 
 
 		 306 aa  152  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0732  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.22 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4369  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 304 aa  149  4e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.536466  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2620  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 299 aa  149  8e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0513234  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 304 aa  146  5e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3779  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 310 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152286 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.4 
 
 		 309 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0354  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5703  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 295 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.351778 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4343  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6146  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 302 aa  142  6e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.69148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8309  transcriptional regulator LysR family  30.11 
 
 		 300 aa  142  7e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1407  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 344 aa  142  7e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0833584 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6343  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4411  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.753366  normal  0.429795 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7048  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4167  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 300 aa  139  7e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2094  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 329 aa  139  7e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.86 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4381  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000034  transcriptional regulator LysR family protein  29.24 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000511263  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4387  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 292 aa  136  5e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.814713 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2701  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 317 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1898  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113483  normal  0.573852 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.22 
 
 		 315 aa  133  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.76 
 
 		 304 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.22 
 
 		 304 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4432  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 323 aa  132  7.999999999999999e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4882  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.85 
 
 		 304 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5404  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.85 
 
 		 304 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3484  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.85 
 
 		 304 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.657517  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2001  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3109  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 309 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.1017  normal  0.129161 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3464  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.26806  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.85 
 
 		 304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3435  transcriptional regulator, LysR family  32.39 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1644  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.83 
 
 		 302 aa  129  6e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6544  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 305 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0395202 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1384  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 309 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.684256  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4408  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 344 aa  127  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.830984  normal  0.0872893 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  28.83 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2435  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 306 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.736044 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2069  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 309 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.156662 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4421  LysR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.655491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 313 aa  123  5e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2197  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 312 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.567497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6967  transcriptional regulator, LysR family  26.76 
 
 		 303 aa  122  8e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8014  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4993  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 303 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0133249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5518  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.192387  normal  0.294784 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4453  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.822863  hitchhiker  0.0000436239 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0835  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 364 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.643048  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2342  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 312 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2078  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.37 
 
 		 301 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3662  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.37 
 
 		 301 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0014  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0014  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.12063  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1589  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.08 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963842  normal  0.282156 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3860  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 306 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2111  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 298 aa  116  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>