More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1589 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1589  DNA-binding transcriptional regulator LysR  100 
 
 		 311 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963842  normal  0.282156 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2078  DNA-binding transcriptional regulator LysR  97.33 
 
 		 301 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3662  DNA-binding transcriptional regulator LysR  97.33 
 
 		 301 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0212  transcriptional activator LysR  57 
 
 		 311 aa  317  1e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  56.16 
 
 		 311 aa  311  6.999999999999999e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3285  DNA-binding transcriptional regulator LysR  52.51 
 
 		 307 aa  308  9e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  55.48 
 
 		 311 aa  306  3e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  55.14 
 
 		 311 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4109  DNA-binding transcriptional regulator LysR  55.14 
 
 		 311 aa  305  8.000000000000001e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000450007 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3837  DNA-binding transcriptional regulator LysR  53.36 
 
 		 307 aa  304  1.0000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  55.14 
 
 		 311 aa  303  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  55.14 
 
 		 311 aa  303  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  55.14 
 
 		 311 aa  303  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  55.14 
 
 		 311 aa  303  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  54.79 
 
 		 311 aa  303  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3626  DNA-binding transcriptional regulator LysR  52.68 
 
 		 306 aa  302  5.000000000000001e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3487  DNA-binding transcriptional regulator LysR  52.01 
 
 		 307 aa  299  5e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.711753  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  52.84 
 
 		 306 aa  298  6e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3164  DNA-binding transcriptional regulator LysR  55.48 
 
 		 311 aa  297  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3230  DNA-binding transcriptional regulator LysR  55.48 
 
 		 311 aa  297  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000332914 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  55.48 
 
 		 311 aa  297  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000462598 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3346  DNA-binding transcriptional regulator LysR  55.48 
 
 		 311 aa  297  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0358858 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51.5 
 
 		 309 aa  296  3e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3182  DNA-binding transcriptional regulator LysR  55.14 
 
 		 311 aa  295  6e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51.53 
 
 		 304 aa  295  8e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4882  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51.53 
 
 		 304 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51.19 
 
 		 304 aa  294  1e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5404  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51.53 
 
 		 304 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3484  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51.53 
 
 		 304 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.657517  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2001  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 308 aa  293  4e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51.19 
 
 		 304 aa  293  4e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1023  DNA-binding transcriptional regulator LysR  50.33 
 
 		 313 aa  292  5e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0970  DNA-binding transcriptional regulator LysR  50.33 
 
 		 313 aa  291  8e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3251  DNA-binding transcriptional regulator LysR  50.33 
 
 		 313 aa  291  8e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000182985 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  50 
 
 		 315 aa  288  9e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0732  DNA-binding transcriptional regulator LysR  50.84 
 
 		 309 aa  284  1.0000000000000001e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3779  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 310 aa  242  6e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152286 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1819  LysR family transcriptional regulator  48.14 
 
 		 309 aa  240  2.9999999999999997e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.321718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1644  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.35 
 
 		 302 aa  229  5e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7048  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 320 aa  195  9e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4411  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 303 aa  189  5e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.753366  normal  0.429795 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2701  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 317 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1898  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 322 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113483  normal  0.573852 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 297 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 304 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2704  Transcriptional regulator  35.71 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 304 aa  168  9e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 304 aa  168  9e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0007  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 325 aa  167  2e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.378538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4387  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 292 aa  167  2.9999999999999998e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.814713 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4432  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 323 aa  160  3e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4381  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 303 aa  159  7e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4408  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 344 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.830984  normal  0.0872893 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4348  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 308 aa  156  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.286195 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8014  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 300 aa  157  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1838  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 318 aa  156  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.69135 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 301 aa  156  4e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4236  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 306 aa  156  5.0000000000000005e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5454  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.803003  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4460  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 308 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0031991 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6544  transcriptional regulator, LysR family  32.97 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0395202 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6967  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4369  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 304 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.536466  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6343  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 300 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1384  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.684256  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0199  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.493239 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0050  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 310 aa  149  5e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5518  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.192387  normal  0.294784 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  32.5 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.67 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4343  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 301 aa  145  6e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2546  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.715041  normal  0.706169 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1998  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4993  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 303 aa  142  6e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0133249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3435  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5821  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430138  normal  0.815813 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4167  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 296 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 296 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8322  transcriptional regulator LysR family  32.14 
 
 		 296 aa  135  6.0000000000000005e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.489992  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 296 aa  135  9e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1544  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5103  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 403 aa  134  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.223049 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3860  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2435  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 306 aa  133  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.736044 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1935  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 307 aa  132  9e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403569 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6146  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.69148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0571  LysR family transcriptional regulator  39.21 
 
 		 298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2808  transcriptional regulator, LysR family  29.82 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.464629  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000034  transcriptional regulator LysR family protein  29.19 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000511263  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0668  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 332 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0273303  normal  0.212728 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5316  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 337 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1795  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 321 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130136  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7396  Transcriptional regulator  30.43 
 
 		 297 aa  129  7.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.709918  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2536  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.74 
 
 		 329 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.941748  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0496  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>