More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8309 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8309  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 300 aa  605  9.999999999999999e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0199  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 297 aa  212  7.999999999999999e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.493239 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1838  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 318 aa  203  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.69135 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4343  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 301 aa  202  4e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.85 
 
 		 301 aa  192  5e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2704  Transcriptional regulator  38.08 
 
 		 304 aa  183  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4369  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.536466  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7048  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 320 aa  160  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 304 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 304 aa  159  6e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4421  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 304 aa  158  9e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.655491  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  35.36 
 
 		 300 aa  155  6e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000034  transcriptional regulator LysR family protein  33.22 
 
 		 304 aa  154  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000511263  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1898  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 322 aa  152  7e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113483  normal  0.573852 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0354  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2701  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 317 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6343  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 300 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4432  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 323 aa  149  4e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.32 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5703  transcriptional regulator, LysR family  31.32 
 
 		 295 aa  146  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.351778 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2620  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 299 aa  146  5e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0513234  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5518  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 300 aa  144  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.192387  normal  0.294784 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4387  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.814713 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4408  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 344 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.830984  normal  0.0872893 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4411  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.753366  normal  0.429795 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4236  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 306 aa  144  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2435  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 306 aa  143  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.736044 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0014  transcriptional regulator, LysR family  34.4 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3634  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 304 aa  142  7e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.246418 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0848  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 302 aa  142  7e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0228944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.63 
 
 		 315 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4460  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0031991 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0014  transcriptional regulator, LysR family  33.69 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.12063  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8322  transcriptional regulator LysR family  33.82 
 
 		 296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.489992  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0571  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.28 
 
 		 304 aa  139  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.02 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5404  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.93 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4882  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.93 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8014  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3484  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.93 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.657517  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.93 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4167  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 300 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.93 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4381  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 303 aa  136  4e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1384  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 309 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.684256  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0732  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.01 
 
 		 309 aa  136  5e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2808  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 316 aa  135  8e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.464629  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0212  transcriptional activator LysR  28.72 
 
 		 311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2536  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.23 
 
 		 329 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.941748  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1407  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0833584 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 296 aa  133  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3837  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.79 
 
 		 307 aa  133  3e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.02 
 
 		 311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.02 
 
 		 311 aa  132  6e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.33 
 
 		 311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.33 
 
 		 311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.02 
 
 		 311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.33 
 
 		 311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  29.33 
 
 		 311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  28.98 
 
 		 311 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3285  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.67 
 
 		 307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4348  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.286195 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4109  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.67 
 
 		 311 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000450007 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0050  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 310 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2111  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1142  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.315341  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0668  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 332 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0273303  normal  0.212728 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7396  Transcriptional regulator  30.9 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.709918  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1439  transcriptional regulator, LysR family  32.73 
 
 		 301 aa  125  6e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1644  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.63 
 
 		 302 aa  125  6e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1795  transcriptional regulator, LysR family  32.1 
 
 		 321 aa  125  6e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130136  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0699  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 317 aa  125  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0791561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4445  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 296 aa  124  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.400594 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3860  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3435  transcriptional regulator, LysR family  32.29 
 
 		 296 aa  123  3e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2001  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 308 aa  122  6e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4993  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 303 aa  122  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0133249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1023  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.67 
 
 		 313 aa  122  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3251  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.22 
 
 		 313 aa  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000182985 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0970  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.22 
 
 		 313 aa  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5454  transcriptional regulator, LysR family  30.31 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.803003  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0007  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 325 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.378538  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3164  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.23 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3230  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.23 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000332914 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3487  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.59 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.711753  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3346  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.23 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0358858 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.23 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000462598 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0394  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 286 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.780233  normal  0.51441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2078  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.62 
 
 		 301 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3662  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.62 
 
 		 301 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2197  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 312 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.567497  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>