More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3662 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2078  DNA-binding transcriptional regulator LysR  100 
 
 		 301 aa  603  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3662  DNA-binding transcriptional regulator LysR  100 
 
 		 301 aa  603  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1589  DNA-binding transcriptional regulator LysR  97.33 
 
 		 311 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963842  normal  0.282156 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0212  transcriptional activator LysR  56.81 
 
 		 311 aa  315  5e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  53.36 
 
 		 311 aa  309  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3285  DNA-binding transcriptional regulator LysR  54.01 
 
 		 307 aa  308  9e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  53.36 
 
 		 311 aa  308  9e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  54.51 
 
 		 311 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4109  DNA-binding transcriptional regulator LysR  53.02 
 
 		 311 aa  306  3e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000450007 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  53.02 
 
 		 311 aa  305  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  53.02 
 
 		 311 aa  305  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  53.02 
 
 		 311 aa  305  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  53.02 
 
 		 311 aa  305  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  52.68 
 
 		 311 aa  305  6e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3626  DNA-binding transcriptional regulator LysR  54.14 
 
 		 306 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3837  DNA-binding transcriptional regulator LysR  53.18 
 
 		 307 aa  301  6.000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3487  DNA-binding transcriptional regulator LysR  53.47 
 
 		 307 aa  298  6e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.711753  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3230  DNA-binding transcriptional regulator LysR  53.36 
 
 		 311 aa  298  8e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000332914 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3164  DNA-binding transcriptional regulator LysR  53.36 
 
 		 311 aa  298  8e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3346  DNA-binding transcriptional regulator LysR  53.36 
 
 		 311 aa  298  8e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0358858 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  53.36 
 
 		 311 aa  298  8e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000462598 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2001  LysR family transcriptional regulator  50.5 
 
 		 308 aa  298  8e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51.51 
 
 		 304 aa  297  1e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5404  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51.51 
 
 		 304 aa  297  2e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4882  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51.51 
 
 		 304 aa  297  2e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3484  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51.51 
 
 		 304 aa  297  2e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.657517  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  54.01 
 
 		 306 aa  296  2e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51.17 
 
 		 304 aa  296  3e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3182  DNA-binding transcriptional regulator LysR  53.02 
 
 		 311 aa  296  4e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51.17 
 
 		 304 aa  295  6e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1023  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51.16 
 
 		 313 aa  294  1e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51.52 
 
 		 309 aa  294  1e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3251  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51.16 
 
 		 313 aa  294  1e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000182985 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0970  DNA-binding transcriptional regulator LysR  51.16 
 
 		 313 aa  294  1e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  49.67 
 
 		 315 aa  289  3e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0732  DNA-binding transcriptional regulator LysR  52.26 
 
 		 309 aa  284  1.0000000000000001e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3779  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 310 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152286 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1819  LysR family transcriptional regulator  48.61 
 
 		 309 aa  240  2.9999999999999997e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.321718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1644  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.72 
 
 		 302 aa  231  1e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7048  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 320 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4411  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.753366  normal  0.429795 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2701  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 317 aa  185  8e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1898  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 322 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113483  normal  0.573852 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2704  Transcriptional regulator  36.18 
 
 		 304 aa  173  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 297 aa  170  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4387  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 292 aa  169  7e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.814713 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0007  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 325 aa  168  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.378538  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 304 aa  166  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8014  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5454  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.803003  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4381  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4460  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 308 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0031991 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4348  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 308 aa  156  4e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.286195 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4236  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 306 aa  156  5.0000000000000005e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4408  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 344 aa  155  5.0000000000000005e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.830984  normal  0.0872893 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6544  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0395202 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4432  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 323 aa  154  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4369  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.536466  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1838  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 318 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.69135 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6967  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 303 aa  153  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1384  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.684256  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6343  transcriptional regulator, LysR family  31.08 
 
 		 300 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0199  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.493239 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.19 
 
 		 301 aa  149  5e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 300 aa  149  5e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5518  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 300 aa  149  7e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.192387  normal  0.294784 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0050  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 310 aa  149  8e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2546  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  145  6e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.715041  normal  0.706169 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1998  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 299 aa  145  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4343  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4993  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0133249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 296 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3435  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5821  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  136  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430138  normal  0.815813 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8322  transcriptional regulator LysR family  32.14 
 
 		 296 aa  135  6.0000000000000005e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.489992  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4167  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 300 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1795  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 321 aa  133  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130136  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2435  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 306 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.736044 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1544  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3860  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000034  transcriptional regulator LysR family protein  28.95 
 
 		 304 aa  132  5e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000511263  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6146  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 302 aa  132  6e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.69148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5103  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 403 aa  130  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.223049 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0067  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0571  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 298 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1935  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 307 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403569 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7396  Transcriptional regulator  30.14 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.709918  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2808  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 316 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.464629  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2590  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 338 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614241  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 313 aa  127  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0496  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 315 aa  126  5e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>