More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5821 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_5821  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  629  1e-179  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430138  normal  0.815813 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6292  transcriptional regulator, LysR family  48.46 
 
 		 303 aa  287  2e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6638  transcriptional regulator, LysR family  36.76 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.863309  normal  0.341434 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2441  LysR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.96584 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6637  transcriptional regulator, LysR family  35.77 
 
 		 301 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.252067 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4972  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.884957  normal  0.156049 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 301 aa  159  4e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  35.79 
 
 		 315 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2704  Transcriptional regulator  30.71 
 
 		 304 aa  139  7e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5703  transcriptional regulator, LysR family  31.73 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.351778 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1589  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.96 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963842  normal  0.282156 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3779  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152286 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2701  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 317 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992427  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2078  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.33 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1898  transcriptional regulator, LysR family  32.58 
 
 		 322 aa  136  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113483  normal  0.573852 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3662  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.33 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4411  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 303 aa  135  7.000000000000001e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.753366  normal  0.429795 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.75 
 
 		 311 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0199  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.493239 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4882  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.39 
 
 		 304 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5404  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.39 
 
 		 304 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3484  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.39 
 
 		 304 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.657517  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.36 
 
 		 311 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  34.36 
 
 		 311 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.36 
 
 		 311 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.36 
 
 		 311 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.36 
 
 		 311 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  33.98 
 
 		 311 aa  132  9e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.36 
 
 		 311 aa  132  9e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3435  transcriptional regulator, LysR family  34.09 
 
 		 296 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1023  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.53 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4109  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.98 
 
 		 311 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000450007 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.04 
 
 		 304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.04 
 
 		 304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.68 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3860  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3251  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.19 
 
 		 313 aa  130  4.0000000000000003e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000182985 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0970  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.19 
 
 		 313 aa  130  4.0000000000000003e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4343  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 301 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2497  transcription regulator protein  32.34 
 
 		 321 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.82783  normal  0.625013 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 313 aa  129  7.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6343  transcriptional regulator, LysR family  33.96 
 
 		 300 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.03 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.92 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3837  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.48 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 301 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0354  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4387  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 292 aa  126  6e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.814713 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0732  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.66 
 
 		 309 aa  125  8.000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3285  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.05 
 
 		 307 aa  125  9e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2760  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 321 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.436538 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7048  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 320 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0212  transcriptional activator LysR  31.11 
 
 		 311 aa  124  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0496  LysR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 315 aa  123  4e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4381  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 303 aa  123  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3487  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.1 
 
 		 307 aa  123  4e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.711753  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4432  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 323 aa  123  4e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  32.96 
 
 		 300 aa  122  5e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0050  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 310 aa  123  5e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2357  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 321 aa  122  6e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0418601  normal  0.167767 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2435  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 306 aa  122  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.736044 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1142  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 302 aa  122  8e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.315341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4831  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 307 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.496731  normal  0.988121 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2111  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 298 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5165  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0371  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 307 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.45787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0397  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 307 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.7885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1838  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 318 aa  119  7.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.69135 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1384  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 309 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.684256  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4445  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.400594 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0571  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0401  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 307 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1935  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 307 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403569 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7396  Transcriptional regulator  29.33 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.709918  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6544  transcriptional regulator, LysR family  28.63 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0395202 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3182  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.22 
 
 		 311 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.58 
 
 		 309 aa  116  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4442  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 334 aa  116  6e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0413506  normal  0.600336 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1819  LysR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 309 aa  115  6.9999999999999995e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.321718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3346  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.22 
 
 		 311 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0358858 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1544  transcriptional regulator, LysR family  32.96 
 
 		 300 aa  115  7.999999999999999e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.22 
 
 		 311 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000462598 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3230  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.22 
 
 		 311 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000332914 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3164  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.22 
 
 		 311 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1644  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.98 
 
 		 302 aa  115  8.999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1407  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 344 aa  115  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0833584 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6146  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.69148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3036  transcriptional regulator, LysR family  28.93 
 
 		 288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000194633  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6967  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 303 aa  113  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0848  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 302 aa  113  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0228944  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>