More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1544 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1544  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 300 aa  603  1.0000000000000001e-171  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1998  LysR family transcriptional regulator  72 
 
 		 299 aa  435  1e-121  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1935  LysR family transcriptional regulator  67 
 
 		 307 aa  390  1e-107  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403569 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0067  LysR family transcriptional regulator  63.09 
 
 		 301 aa  366  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2760  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 321 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.436538 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2357  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 321 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0418601  normal  0.167767 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0699  LysR family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 317 aa  202  5e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0791561  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2497  transcription regulator protein  39.26 
 
 		 321 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.82783  normal  0.625013 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2590  LysR family transcriptional regulator  41.09 
 
 		 338 aa  194  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614241  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4442  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 334 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0413506  normal  0.600336 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2699  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  180  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.133782  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5291  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 303 aa  176  5e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0224  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 309 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5825  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3256  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 292 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.14149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0947  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1932  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1235  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67170  LysR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 318 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.161893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2210  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0307  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1671  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4707  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0240771 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0217  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 310 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2788  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 292 aa  165  9e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000677  LysR-family transcriptional regulator  36 
 
 		 293 aa  163  4.0000000000000004e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.708378  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 296 aa  162  6e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 296 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 296 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4183  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 312 aa  155  8e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465046 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4207  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0441  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 306 aa  152  5e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.253414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2190  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.769998 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06556  transcriptional regulator  33.91 
 
 		 282 aa  149  5e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3995  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3713  transcriptional regulator, LysR family  35.19 
 
 		 295 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0343753 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4972  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 306 aa  144  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.884957  normal  0.156049 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  36.03 
 
 		 309 aa  143  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 313 aa  142  5e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.76 
 
 		 315 aa  142  6e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.76 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5404  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.76 
 
 		 304 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4882  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.76 
 
 		 304 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3484  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.76 
 
 		 304 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.657517  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.21 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3860  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 306 aa  136  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0119  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 		 316 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.41 
 
 		 304 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2111  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 298 aa  135  8e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0133  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 302 aa  135  9e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1589  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.29 
 
 		 311 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963842  normal  0.282156 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2078  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.4 
 
 		 301 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0496  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 315 aa  134  3e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3662  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.4 
 
 		 301 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4343  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.33 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2197  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 312 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.567497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 301 aa  129  9.000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4115  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.214102  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4387  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.814713 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4752  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.222249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4203  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2342  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 312 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4404  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2069  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 309 aa  126  5e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.156662 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3779  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 310 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152286 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6120  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 313 aa  124  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.387063 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4411  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 303 aa  122  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.753366  normal  0.429795 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3109  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 309 aa  122  6e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.1017  normal  0.129161 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3464  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 309 aa  122  7e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.26806  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0212  transcriptional activator LysR  30.14 
 
 		 311 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2094  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 329 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2546  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.715041  normal  0.706169 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  32.86 
 
 		 300 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.97 
 
 		 306 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 297 aa  119  7.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2847  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 317 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.310868  normal  0.325567 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3487  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.08 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.711753  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2704  Transcriptional regulator  28.71 
 
 		 304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2001  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 308 aa  115  7.999999999999999e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5821  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 316 aa  115  7.999999999999999e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430138  normal  0.815813 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0571  LysR family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4236  transcriptional regulator, LysR family  33.98 
 
 		 306 aa  114  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1898  transcriptional regulator, LysR family  31.48 
 
 		 322 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113483  normal  0.573852 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2620  transcriptional regulator, LysR family  31.64 
 
 		 299 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0513234  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4381  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 303 aa  113  4.0000000000000004e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2435  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.736044 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4421  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 304 aa  112  7.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.655491  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6637  transcriptional regulator, LysR family  33.96 
 
 		 301 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.252067 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7396  Transcriptional regulator  29.21 
 
 		 297 aa  112  9e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.709918  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1644  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.39 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3837  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.52 
 
 		 307 aa  111  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.81 
 
 		 311 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.81 
 
 		 311 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>