More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_3713 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_3713  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 295 aa  598  1e-170  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0343753 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4442  LysR family transcriptional regulator  49.65 
 
 		 334 aa  271  1e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0413506  normal  0.600336 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0224  LysR family transcriptional regulator  47.8 
 
 		 309 aa  247  1e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4707  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 294 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0240771 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0307  LysR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 310 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1235  LysR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 310 aa  233  3e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2210  LysR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 310 aa  233  3e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1932  LysR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 310 aa  233  3e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0947  LysR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 310 aa  233  3e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1671  LysR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 310 aa  232  5e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0217  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 310 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67170  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 318 aa  186  5e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.161893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5825  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 305 aa  185  6e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5291  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2788  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 292 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2760  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.436538 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2590  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 338 aa  163  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614241  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2699  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 296 aa  162  5.0000000000000005e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.133782  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2357  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 321 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0418601  normal  0.167767 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0699  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 317 aa  161  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0791561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3256  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.14149  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2497  transcription regulator protein  36.2 
 
 		 321 aa  159  8e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.82783  normal  0.625013 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 296 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 296 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 296 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1998  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 299 aa  151  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0067  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 313 aa  146  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1544  transcriptional regulator, LysR family  35.19 
 
 		 300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1935  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 307 aa  136  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403569 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000677  LysR-family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 293 aa  136  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.708378  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06556  transcriptional regulator  33.92 
 
 		 282 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 296 aa  133  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.94 
 
 		 309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4460  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0031991 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2190  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.769998 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3995  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.93 
 
 		 306 aa  123  3e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 301 aa  123  3e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  33.59 
 
 		 311 aa  123  4e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.59 
 
 		 311 aa  123  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.59 
 
 		 311 aa  123  5e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.59 
 
 		 311 aa  122  5e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.59 
 
 		 311 aa  123  5e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  33.59 
 
 		 311 aa  123  5e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.59 
 
 		 311 aa  123  5e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0133  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 		 302 aa  122  7e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4404  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 302 aa  122  8e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.59 
 
 		 311 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4115  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.214102  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4109  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.21 
 
 		 311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000450007 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3285  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.84 
 
 		 307 aa  120  3.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4183  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 312 aa  119  7e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465046 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2111  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3164  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.73 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.73 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000462598 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3346  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.73 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0358858 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3230  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.73 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000332914 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3182  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.73 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3860  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0571  LysR family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 298 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3626  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.06 
 
 		 306 aa  116  6e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2001  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0732  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.95 
 
 		 309 aa  112  7.000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.85 
 
 		 304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4993  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 303 aa  111  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0133249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.85 
 
 		 304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.48 
 
 		 315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5703  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 295 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.351778 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 304 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4348  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 308 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.286195 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3487  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.58 
 
 		 307 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.711753  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.37 
 
 		 304 aa  109  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4445  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 296 aa  109  5e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.400594 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2620  transcriptional regulator, LysR family  26.62 
 
 		 299 aa  109  5e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0513234  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4882  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.37 
 
 		 304 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5404  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.37 
 
 		 304 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3484  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.37 
 
 		 304 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.657517  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0050  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 310 aa  108  8.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4207  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 302 aa  108  8.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4167  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0441  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.253414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6967  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2342  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 312 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0848  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0228944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  29.81 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4381  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 303 aa  107  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 301 aa  107  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3779  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 310 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152286 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1023  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.52 
 
 		 313 aa  106  6e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.02 
 
 		 301 aa  105  6e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2704  Transcriptional regulator  26.09 
 
 		 304 aa  105  7e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0496  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 315 aa  105  7e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3251  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.52 
 
 		 313 aa  105  8e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000182985 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0970  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.52 
 
 		 313 aa  105  8e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1589  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.98 
 
 		 311 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963842  normal  0.282156 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4369  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 304 aa  105  8e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.536466  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>