More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_4115 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_4115  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 302 aa  618  1e-176  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.214102  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4404  transcriptional regulator, LysR family  97.67 
 
 		 302 aa  605  9.999999999999999e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3995  transcriptional regulator, LysR family  76.49 
 
 		 302 aa  481  1e-135  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0133  transcriptional regulator, LysR family  77.81 
 
 		 302 aa  482  1e-135  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000677  LysR-family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.708378  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5291  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 303 aa  162  6e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67170  LysR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 318 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.161893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06556  transcriptional regulator  34.56 
 
 		 282 aa  154  1e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5825  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2699  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 296 aa  146  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.133782  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2788  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 292 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2590  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 338 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614241  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0699  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 317 aa  141  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0791561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4442  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 334 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0413506  normal  0.600336 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3256  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.14149  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2497  transcription regulator protein  28.84 
 
 		 321 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.82783  normal  0.625013 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1998  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2760  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 321 aa  129  6e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.436538 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2357  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0418601  normal  0.167767 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1544  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0067  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3713  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 295 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0343753 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2197  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 312 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.567497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1935  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403569 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2342  LysR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 312 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2078  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.21 
 
 		 301 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3662  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.21 
 
 		 301 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1589  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.57 
 
 		 311 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963842  normal  0.282156 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4707  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0240771 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0224  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 309 aa  112  9e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 313 aa  110  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2847  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 317 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.310868  normal  0.325567 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2069  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 309 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.156662 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3109  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 309 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.1017  normal  0.129161 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3464  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.26806  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0496  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 315 aa  106  4e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  24.67 
 
 		 304 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0119  transcriptional regulator, LysR family  24.5 
 
 		 316 aa  102  8e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0217  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 310 aa  102  8e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3779  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 310 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152286 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0947  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 310 aa  101  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1932  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 310 aa  101  1e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1671  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 310 aa  101  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1235  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 310 aa  101  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2210  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 310 aa  101  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3484  DNA-binding transcriptional regulator LysR  24.67 
 
 		 304 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.657517  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5404  DNA-binding transcriptional regulator LysR  24.67 
 
 		 304 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  24.5 
 
 		 304 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4882  DNA-binding transcriptional regulator LysR  24.67 
 
 		 304 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0307  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 310 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.55 
 
 		 304 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0014  transcriptional regulator, LysR family  25.34 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.12063  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2546  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.715041  normal  0.706169 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4203  LysR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 306 aa  100  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0014  transcriptional regulator, LysR family  25.59 
 
 		 298 aa  99  9e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2111  LysR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 298 aa  99  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2190  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 297 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.769998 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4411  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 303 aa  98.6  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.753366  normal  0.429795 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4183  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 312 aa  98.2  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465046 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.55 
 
 		 315 aa  97.8  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.1 
 
 		 309 aa  97.4  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0732  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.53 
 
 		 309 aa  96.3  5e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2808  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 316 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.464629  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.16 
 
 		 306 aa  95.5  9e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2001  LysR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 308 aa  95.1  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3860  LysR family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 306 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3182  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.36 
 
 		 311 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4369  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 304 aa  94.7  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.536466  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.88 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000462598 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3230  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.88 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000332914 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0441  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 306 aa  94  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.253414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3346  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.88 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0358858 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3164  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.88 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3285  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.8 
 
 		 307 aa  93.6  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.56 
 
 		 311 aa  92.8  6e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6967  transcriptional regulator, LysR family  27.59 
 
 		 303 aa  91.7  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5518  LysR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 300 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.192387  normal  0.294784 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.56 
 
 		 311 aa  92  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2536  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.43 
 
 		 329 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.941748  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4752  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 305 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.222249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3846  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 343 aa  90.9  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  27.8 
 
 		 311 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  27.8 
 
 		 311 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.23 
 
 		 311 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.8 
 
 		 311 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1765  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 315 aa  90.9  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.111845 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.8 
 
 		 311 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 301 aa  90.5  3e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 304 aa  90.1  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  22.84 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4207  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 302 aa  90.1  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 311 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4109  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.9 
 
 		 311 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000450007 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6120  LysR family transcriptional regulator  21.66 
 
 		 313 aa  89  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.387063 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 304 aa  88.6  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4445  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 296 aa  88.6  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.400594 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>