More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3256 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3256  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  599  1e-170  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.14149  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2699  LysR family transcriptional regulator  68.49 
 
 		 296 aa  431  1e-119  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.133782  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2788  LysR family transcriptional regulator  61.3 
 
 		 292 aa  370  1e-101  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4707  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 294 aa  205  9e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0240771 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0224  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 309 aa  201  9e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4442  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0413506  normal  0.600336 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1671  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 310 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0307  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 310 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0217  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 310 aa  195  7e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1932  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 310 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0947  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 310 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1235  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 310 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2210  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 310 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5291  LysR family transcriptional regulator  37.73 
 
 		 303 aa  185  7e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0067  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 301 aa  180  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67170  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.161893  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1544  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 		 300 aa  172  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0699  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 317 aa  172  5e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0791561  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2357  transcriptional regulator, LysR family  31.9 
 
 		 321 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0418601  normal  0.167767 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2760  transcriptional regulator, LysR family  31.9 
 
 		 321 aa  172  7.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.436538 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2497  transcription regulator protein  31.18 
 
 		 321 aa  170  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.82783  normal  0.625013 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5825  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 305 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 296 aa  168  9e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000677  LysR-family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 293 aa  166  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.708378  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2590  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 338 aa  166  4e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614241  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1935  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 307 aa  162  4.0000000000000004e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403569 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3713  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0343753 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1998  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 299 aa  159  7e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06556  transcriptional regulator  35.14 
 
 		 282 aa  149  4e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4183  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 312 aa  149  5e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465046 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3995  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 302 aa  145  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 313 aa  141  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3464  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 309 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.26806  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3109  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.1017  normal  0.129161 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4404  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2069  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.156662 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2190  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.769998 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4115  transcriptional regulator, LysR family  30.47 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.214102  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0133  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 302 aa  132  9e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4972  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.884957  normal  0.156049 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2197  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.567497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2847  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 317 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.310868  normal  0.325567 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2342  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 312 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 304 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 304 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 304 aa  125  6e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4207  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0441  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 306 aa  124  3e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.253414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2111  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 298 aa  122  7e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2704  Transcriptional regulator  28.52 
 
 		 304 aa  122  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4460  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 308 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0031991 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4445  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 296 aa  119  9e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.400594 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4203  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 306 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8014  transcriptional regulator, LysR family  25.61 
 
 		 300 aa  116  5e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0571  LysR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 298 aa  116  5e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 297 aa  115  7.999999999999999e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7048  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.35 
 
 		 301 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4343  LysR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0496  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4993  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0133249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6120  LysR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.387063 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0354  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5518  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 300 aa  113  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.192387  normal  0.294784 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.92 
 
 		 309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 304 aa  113  5e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1384  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 309 aa  112  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.684256  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4411  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 303 aa  112  8.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.753366  normal  0.429795 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1898  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 322 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113483  normal  0.573852 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4348  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 308 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.286195 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 301 aa  109  6e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3860  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 306 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2701  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 317 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4381  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1142  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.315341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4752  LysR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 305 aa  107  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.222249  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0119  transcriptional regulator, LysR family  23.69 
 
 		 316 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.62 
 
 		 311 aa  107  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0848  LysR family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0228944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4167  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 300 aa  106  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.62 
 
 		 311 aa  106  5e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.62 
 
 		 311 aa  106  5e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  25.76 
 
 		 300 aa  105  6e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2546  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 298 aa  105  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.715041  normal  0.706169 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0212  transcriptional activator LysR  28.43 
 
 		 311 aa  105  7e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4109  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.62 
 
 		 311 aa  105  9e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000450007 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  27.5 
 
 		 311 aa  104  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  27.5 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.5 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8309  transcriptional regulator LysR family  25.36 
 
 		 300 aa  103  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8322  transcriptional regulator LysR family  27.35 
 
 		 296 aa  103  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.489992  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1407  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 344 aa  103  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0833584 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.5 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  27.5 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0050  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 310 aa  103  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>