More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2190 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2190  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  588  1e-167  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.769998 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5291  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 303 aa  219  3e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67170  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 318 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.161893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5825  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 		 305 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2760  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 		 321 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.436538 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2357  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 		 321 aa  159  6e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0418601  normal  0.167767 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2590  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 338 aa  155  8e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614241  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2497  transcription regulator protein  33.22 
 
 		 321 aa  152  5e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.82783  normal  0.625013 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1544  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0067  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0699  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 317 aa  142  5e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0791561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1998  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 299 aa  139  6e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2788  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 292 aa  135  8e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1935  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 307 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403569 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3256  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.14149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 296 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4442  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 334 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0413506  normal  0.600336 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2111  LysR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3713  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0343753 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2699  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.133782  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3995  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 302 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6120  LysR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 313 aa  116  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.387063 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2094  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 329 aa  115  8.999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 304 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 304 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000677  LysR-family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 293 aa  112  6e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.708378  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 304 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4707  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 294 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0240771 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0224  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 309 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3860  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0307  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0947  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 310 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1235  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 310 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1932  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 310 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2210  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 310 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1671  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 310 aa  109  6e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0217  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0133  transcriptional regulator, LysR family  28.89 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3109  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 309 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.1017  normal  0.129161 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 301 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3464  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.26806  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.63 
 
 		 309 aa  105  7e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2069  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 309 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.156662 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8322  transcriptional regulator LysR family  29.51 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.489992  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4343  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 301 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4183  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 312 aa  104  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465046 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4203  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 306 aa  103  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2435  LysR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 306 aa  102  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.736044 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.18 
 
 		 315 aa  102  6e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06556  transcriptional regulator  30.91 
 
 		 282 aa  102  7e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0119  transcriptional regulator, LysR family  25.62 
 
 		 316 aa  102  9e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0441  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 306 aa  102  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.253414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5404  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.18 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4882  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.18 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3484  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.18 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.657517  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.84 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 301 aa  100  4e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0496  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 315 aa  99.8  5e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4207  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 302 aa  99.8  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.84 
 
 		 304 aa  99.4  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  28.92 
 
 		 311 aa  99.4  7e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4453  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 307 aa  99  8e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.822863  hitchhiker  0.0000436239 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.18 
 
 		 304 aa  99  8e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  28.92 
 
 		 311 aa  99  9e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  28.92 
 
 		 311 aa  99  9e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.92 
 
 		 311 aa  99  9e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.92 
 
 		 311 aa  99  9e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4109  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.12 
 
 		 311 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000450007 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4115  transcriptional regulator, LysR family  27.99 
 
 		 302 aa  98.6  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.214102  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3779  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 310 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152286 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.78 
 
 		 301 aa  97.4  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.77 
 
 		 311 aa  97.8  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4347  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4752  LysR family transcriptional regulator  23.26 
 
 		 305 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.222249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4404  transcriptional regulator, LysR family  27.07 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3837  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.85 
 
 		 307 aa  97.1  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.77 
 
 		 311 aa  97.4  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4972  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 306 aa  97.1  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.884957  normal  0.156049 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2001  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 308 aa  96.3  5e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 297 aa  96.3  5e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.07 
 
 		 311 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 296 aa  93.6  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3285  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.87 
 
 		 307 aa  92.8  5e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3487  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.76 
 
 		 307 aa  93.2  5e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.711753  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2197  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 312 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.567497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2342  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 312 aa  92  9e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.03 
 
 		 306 aa  90.9  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4421  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 304 aa  91.3  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.655491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1142  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 302 aa  91.3  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.315341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6967  transcriptional regulator, LysR family  26.23 
 
 		 303 aa  89.7  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0732  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.65 
 
 		 309 aa  89.7  5e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2704  Transcriptional regulator  24.16 
 
 		 304 aa  89.4  6e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3626  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.11 
 
 		 306 aa  89.4  6e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1023  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.42 
 
 		 313 aa  89  8e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0199  LysR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 297 aa  87.8  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.493239 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4236  transcriptional regulator, LysR family  29.26 
 
 		 306 aa  87.8  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>