More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2788 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2788  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  595  1e-169  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2699  LysR family transcriptional regulator  64.38 
 
 		 296 aa  395  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.133782  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3256  LysR family transcriptional regulator  61.3 
 
 		 292 aa  370  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.14149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5291  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 303 aa  203  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4707  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 294 aa  192  4e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0240771 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0699  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 317 aa  191  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0791561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4442  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 334 aa  191  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0413506  normal  0.600336 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0224  LysR family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 309 aa  188  9e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0307  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 310 aa  187  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1932  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0947  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1671  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1235  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2210  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0217  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 310 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5825  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 305 aa  186  5e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67170  LysR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 318 aa  185  7e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.161893  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2357  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 		 321 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0418601  normal  0.167767 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2760  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 		 321 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.436538 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2497  transcription regulator protein  34.06 
 
 		 321 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.82783  normal  0.625013 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 296 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 296 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3713  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 295 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0343753 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2590  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 338 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614241  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1935  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 307 aa  167  1e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403569 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0067  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1998  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1544  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 300 aa  165  8e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000677  LysR-family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.708378  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3995  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 302 aa  159  7e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06556  transcriptional regulator  33.21 
 
 		 282 aa  149  4e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 313 aa  149  5e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0133  transcriptional regulator, LysR family  31.07 
 
 		 302 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4404  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4115  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 302 aa  145  6e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.214102  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4183  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 312 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465046 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4972  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.884957  normal  0.156049 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.27 
 
 		 309 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2190  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 297 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.769998 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1384  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 309 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.684256  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4207  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.47 
 
 		 315 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29 
 
 		 304 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 301 aa  129  4.0000000000000003e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.67 
 
 		 304 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29 
 
 		 304 aa  129  6e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3109  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 309 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.1017  normal  0.129161 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0354  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 310 aa  129  7.000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.92 
 
 		 301 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3464  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 309 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.26806  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0441  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.253414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5404  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2069  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.156662 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3484  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.657517  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4882  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2704  Transcriptional regulator  28.72 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7048  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 320 aa  125  7e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8014  transcriptional regulator, LysR family  25.97 
 
 		 300 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4460  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 308 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0031991 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6120  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.387063 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2546  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.715041  normal  0.706169 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4343  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2111  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 298 aa  124  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.22 
 
 		 311 aa  122  7e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 301 aa  122  7e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1589  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.24 
 
 		 311 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963842  normal  0.282156 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2078  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.9 
 
 		 301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3285  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.72 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3662  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.9 
 
 		 301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2342  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 312 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2701  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 317 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4203  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 306 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  27.53 
 
 		 311 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.53 
 
 		 311 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  27.53 
 
 		 311 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.53 
 
 		 311 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.53 
 
 		 311 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.53 
 
 		 311 aa  119  9e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7396  Transcriptional regulator  27.44 
 
 		 297 aa  118  9e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.709918  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  27.18 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2197  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 312 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.567497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 304 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4109  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.18 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000450007 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4236  transcriptional regulator, LysR family  28.04 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5518  LysR family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.192387  normal  0.294784 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2001  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 308 aa  116  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0199  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 297 aa  116  5e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.493239 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0496  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 315 aa  115  6e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3860  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 306 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8309  transcriptional regulator LysR family  26.6 
 
 		 300 aa  114  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4445  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 296 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.400594 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2094  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 329 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4381  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>