More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2342 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2342  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 312 aa  631  1e-180  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2197  LysR family transcriptional regulator  94.84 
 
 		 312 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.567497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2847  LysR family transcriptional regulator  86.73 
 
 		 317 aa  544  1e-154  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.310868  normal  0.325567 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 313 aa  222  7e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 296 aa  211  9e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2111  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 298 aa  187  3e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0496  LysR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 315 aa  185  8e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 296 aa  175  8e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  42.04 
 
 		 296 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  42.04 
 
 		 296 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6120  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 313 aa  157  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.387063 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4203  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2699  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 296 aa  139  7.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.133782  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0699  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 317 aa  138  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0791561  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2497  transcription regulator protein  32.65 
 
 		 321 aa  135  9e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.82783  normal  0.625013 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3860  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2357  transcriptional regulator, LysR family  30.13 
 
 		 321 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0418601  normal  0.167767 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2590  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 338 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614241  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2760  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 		 321 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.436538 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4752  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.222249  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3995  transcriptional regulator, LysR family  27.55 
 
 		 302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8014  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 300 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2704  Transcriptional regulator  30.8 
 
 		 304 aa  129  7.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4167  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 300 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5291  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 297 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5518  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 300 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.192387  normal  0.294784 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1544  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0224  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 309 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3256  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 292 aa  126  5e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.14149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4442  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 334 aa  126  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0413506  normal  0.600336 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67170  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 318 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.161893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4993  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 303 aa  123  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0133249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0571  LysR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 298 aa  123  5e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1998  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 299 aa  122  6e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0119  transcriptional regulator, LysR family  27.17 
 
 		 316 aa  122  8e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4972  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 306 aa  122  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.884957  normal  0.156049 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4343  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 301 aa  121  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0732  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.72 
 
 		 309 aa  122  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4707  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0240771 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2546  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.715041  normal  0.706169 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5825  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2788  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 292 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2078  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.58 
 
 		 301 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3662  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.58 
 
 		 301 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0354  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 310 aa  119  6e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0848  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 302 aa  119  6e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0228944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.62 
 
 		 301 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1589  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.71 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963842  normal  0.282156 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8309  transcriptional regulator LysR family  31.25 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1407  LysR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 344 aa  118  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0833584 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.62 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0133  transcriptional regulator, LysR family  25.51 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3779  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152286 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1838  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.69135 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0199  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.493239 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4115  transcriptional regulator, LysR family  24.49 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.214102  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2701  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 317 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000677  LysR-family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 293 aa  116  3.9999999999999997e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.708378  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4404  transcriptional regulator, LysR family  24.15 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1935  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 307 aa  116  5e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403569 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1898  transcriptional regulator, LysR family  28.22 
 
 		 322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113483  normal  0.573852 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1819  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.321718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0441  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.253414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7048  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4387  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.814713 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  29.67 
 
 		 300 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4445  LysR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 296 aa  114  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.400594 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4453  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 307 aa  113  4.0000000000000004e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.822863  hitchhiker  0.0000436239 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4348  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 308 aa  113  4.0000000000000004e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.286195 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.85 
 
 		 309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3487  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.93 
 
 		 307 aa  113  5e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.711753  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1795  transcriptional regulator, LysR family  25.95 
 
 		 321 aa  113  5e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130136  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 301 aa  112  6e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 304 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 301 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2536  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.66 
 
 		 329 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.941748  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3626  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.08 
 
 		 306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0307  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1932  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 310 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2210  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 310 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0947  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 310 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1235  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 310 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3837  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.21 
 
 		 307 aa  109  6e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1671  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 310 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2536  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 357 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4207  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 302 aa  108  9.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2094  LysR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 329 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3713  transcriptional regulator, LysR family  28.96 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0343753 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6637  transcriptional regulator, LysR family  27.18 
 
 		 301 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.252067 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0050  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0217  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 310 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2808  transcriptional regulator, LysR family  27.62 
 
 		 316 aa  107  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.464629  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3464  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.26806  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3109  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.1017  normal  0.129161 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>