More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6120 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6120  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  634    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.387063 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0119  transcriptional regulator, LysR family  64.54 
 
 		 316 aa  409  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4752  LysR family transcriptional regulator  64.04 
 
 		 305 aa  394  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.222249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4203  LysR family transcriptional regulator  54.98 
 
 		 306 aa  318  7.999999999999999e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 313 aa  185  7e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2111  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  182  8.000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 296 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 296 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1998  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 299 aa  162  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0496  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 315 aa  159  6e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2197  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 312 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.567497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2342  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 312 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2847  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 317 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.310868  normal  0.325567 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3779  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 310 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152286 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2590  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 338 aa  143  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614241  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0699  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 317 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0791561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3464  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 309 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.26806  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3109  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 309 aa  138  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.1017  normal  0.129161 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1898  transcriptional regulator, LysR family  30.06 
 
 		 322 aa  138  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113483  normal  0.573852 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1935  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403569 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2760  transcriptional regulator, LysR family  29.19 
 
 		 321 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.436538 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2357  transcriptional regulator, LysR family  29.19 
 
 		 321 aa  135  8e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0418601  normal  0.167767 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2069  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.156662 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.38 
 
 		 301 aa  132  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2094  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 329 aa  132  6e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 304 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 304 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2497  transcription regulator protein  28.62 
 
 		 321 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.82783  normal  0.625013 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  27.87 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2701  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 317 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4343  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 301 aa  129  6e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 304 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0067  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 304 aa  126  5e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3860  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 306 aa  125  7e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4445  LysR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.400594 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1544  transcriptional regulator, LysR family  27.82 
 
 		 300 aa  123  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5825  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 305 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2788  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 292 aa  123  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6967  transcriptional regulator, LysR family  25.25 
 
 		 303 aa  122  7e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4236  transcriptional regulator, LysR family  24.75 
 
 		 306 aa  121  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1589  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.92 
 
 		 311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963842  normal  0.282156 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67170  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 318 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.161893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.89 
 
 		 304 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7048  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 320 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3487  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.42 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.711753  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000677  LysR-family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 293 aa  119  6e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.708378  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5291  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 303 aa  119  6e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.57 
 
 		 304 aa  119  9e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  26.83 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2078  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.62 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.25 
 
 		 304 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3662  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.62 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.02 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.42 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4109  DNA-binding transcriptional regulator LysR  24.74 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000450007 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4882  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.16 
 
 		 304 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  26.42 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.42 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1384  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 309 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.684256  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5404  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.16 
 
 		 304 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3484  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.16 
 
 		 304 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.657517  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.42 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.26 
 
 		 309 aa  117  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.17 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.02 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  24.74 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5703  transcriptional regulator, LysR family  27.09 
 
 		 295 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.351778 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4411  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 303 aa  116  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.753366  normal  0.429795 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 304 aa  116  5e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2190  LysR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 297 aa  116  6e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.769998 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2546  LysR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 298 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.715041  normal  0.706169 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0732  DNA-binding transcriptional regulator LysR  23.88 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0199  LysR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.493239 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4707  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0240771 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3256  LysR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.14149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0224  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 309 aa  113  3e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0394  LysR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 286 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.780233  normal  0.51441 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4442  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 334 aa  113  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0413506  normal  0.600336 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3995  transcriptional regulator, LysR family  26.32 
 
 		 302 aa  112  8.000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3285  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.31 
 
 		 307 aa  112  8.000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  23.65 
 
 		 315 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0441  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 306 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.253414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4972  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.884957  normal  0.156049 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1142  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 302 aa  109  5e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.315341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4993  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 303 aa  109  5e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0133249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4381  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 303 aa  109  5e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3837  DNA-binding transcriptional regulator LysR  23.43 
 
 		 307 aa  108  8.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2699  LysR family transcriptional regulator  22.68 
 
 		 296 aa  108  8.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.133782  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4167  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4207  LysR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3626  DNA-binding transcriptional regulator LysR  24.71 
 
 		 306 aa  107  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0354  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4432  LysR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 323 aa  108  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6544  transcriptional regulator, LysR family  25.83 
 
 		 305 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0395202 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>