More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2111 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2111  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  588  1e-167  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 296 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 296 aa  229  6e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 296 aa  229  6e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 296 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 313 aa  216  4e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2342  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 312 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2197  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 312 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.567497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6120  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.387063 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2847  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 317 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.310868  normal  0.325567 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3860  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 306 aa  172  5e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0119  transcriptional regulator, LysR family  34.39 
 
 		 316 aa  170  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4752  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.222249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4203  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 306 aa  169  5e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4972  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 306 aa  167  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.884957  normal  0.156049 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1898  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 322 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113483  normal  0.573852 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 304 aa  166  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0496  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 315 aa  166  4e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2701  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 317 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 304 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2094  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 329 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2546  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.715041  normal  0.706169 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2590  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 338 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614241  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 300 aa  149  7e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0699  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 317 aa  148  9e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0791561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.38 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7048  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 320 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2760  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 321 aa  144  3e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.436538 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4343  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2357  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 321 aa  142  6e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0418601  normal  0.167767 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3464  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 309 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.26806  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5291  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3109  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 309 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.1017  normal  0.129161 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2069  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.156662 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4387  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 292 aa  139  6e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.814713 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2497  transcription regulator protein  35.46 
 
 		 321 aa  136  4e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.82783  normal  0.625013 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4445  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.400594 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0354  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 310 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1544  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 301 aa  135  9e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3779  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 310 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152286 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5825  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2435  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 306 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.736044 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  34.14 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.79 
 
 		 304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67170  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 318 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.161893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8322  transcriptional regulator LysR family  30.8 
 
 		 296 aa  131  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.489992  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.1 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.45 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1644  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.87 
 
 		 302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0212  transcriptional activator LysR  31.16 
 
 		 311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1998  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 299 aa  129  6e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3995  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0199  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.493239 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2190  LysR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.769998 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8309  transcriptional regulator LysR family  29.89 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5404  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.56 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3484  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.56 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.657517  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4882  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.56 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3487  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.49 
 
 		 307 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.711753  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5703  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 295 aa  125  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.351778 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1935  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 307 aa  125  8.000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403569 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4109  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.85 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000450007 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.51 
 
 		 311 aa  124  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 		 311 aa  124  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  33.21 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.51 
 
 		 311 aa  124  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4167  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2704  Transcriptional regulator  29.64 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.74 
 
 		 311 aa  124  3e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.74 
 
 		 311 aa  124  3e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3182  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.64 
 
 		 311 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  31.74 
 
 		 311 aa  124  3e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.51 
 
 		 311 aa  124  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  31.74 
 
 		 311 aa  124  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4707  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 294 aa  123  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0240771 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2788  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 292 aa  124  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0067  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4432  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 323 aa  123  4e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4993  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 303 aa  122  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0133249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0050  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 310 aa  122  6e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3256  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 292 aa  122  8e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.14149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1838  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 318 aa  122  9e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.69135 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4236  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 306 aa  122  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0224  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 309 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5821  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 316 aa  122  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430138  normal  0.815813 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1384  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 309 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.684256  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3626  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.07 
 
 		 306 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.29 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000462598 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3230  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.29 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000332914 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3164  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.29 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3346  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.29 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0358858 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3285  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30.64 
 
 		 307 aa  120  3.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4442  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 334 aa  119  3.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0413506  normal  0.600336 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4381  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 303 aa  119  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>